Ruizheng 的学习笔记
感谢 生信技能树 小洁老师
芯片注释：探针与基因的对应关系
注释来源：
- GEO数据库中GPL页面的表格
- Bioconductor 的注释包
用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲 - 官网下载对应产品的注视表格
- 自主注释
芯片探针序列的基因组注释
自主注释流程
富集分析
输入数据：差异基因的entrezid; 所有基因的entrezid
id转换：bitr()
输出结果解读
KEGG
气泡图
下面的图用enrichplot画
cnetplot
cnetplot
共同基因
共同基因的通路
go-plot
代码分析流程
流程图
贴一个Jimmy老师的github GEO数据挖掘代码
https://github.com/jmzeng1314/GEO
下面只会记录一些运行代码过程中的知识点和心得
1. eSet[[1]]是Biobase包创建的ExpressionSet格式的文件，exprs()提取表达矩阵，pData()提取临床信息，eSet[[1]]@annotation 提取注释平台名称
图片.png
2. 关于分组信息
- 简单的分组可以通过rep(, each = )自己生成
- 利用 ifelse 和 stringr::str_detect 进行嵌套
- 设置参考水平，通过 factor( , levels = c("control", "treat"))实现，对照在前，处理在后
3. 探针注释
翻一下这篇文章前面提到的四种方法
用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲
果子老师的经验分享
一些 tips
- ls() 查看环境中存在的变量
- ls("package:tidyr") 查看R包中存在的变量
- toTable() 得到探针 ID 的注释矩阵
