这是Linux的操作系统，使用的VMware 安装的虚拟机的操作系统

切换用户su

su -切换回root目录（需要输入密码，Linux下输入的密码是不可见的）
su - chaim 切换到chaim用户模式下
passwd 更改当前用户的密码
切换用户时，一定要使用su - 用户名,中间的-不能省略，如果省略则使用的还是切换前的用户的环境变量。
我使用不同的账户时，直接使用su chaim结果就是，账户的perl无法使用，经过反复查找，才发现是切换的方法不正确，省略了-,导致环境变量没有切换。

进程守护和结束

进程守护

nohup ascp -i /share/home/jialj/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list SRR_Download_List_file_list.txt ./ & 用nohup 你的任务 &来守护进程，即使退出当前连接，进程仍然会在后台进行。
此处退出时，使用logout退出远程连接。非正常退出终端，nohup的进程会被kill掉。

进程守护之Screen

在使用nohup时，可能会在输出文件添加说明性内容，结果会导致后续程序报错。
所以建议，在运行命令时，指定log输出文件，

#此处的2 后面的时输出log的文件夹 
nohup ascp -i /EDE/lk.putty XXXX 2 >ascp_output_info &

除了nohup还有screen，也是很好用的后台挂起的命令。
screen常用命令

#新建一个名字为hello的session，直接进入到该session
screen -S hello
#退出当前的session，CTRL+A+D  ，但是该session仍然在后台运行
同时按下CTRL+A+D
#查看所有的screen session
screen -ls
#返回hello session
screen -r hello
#结束当前session ，并前往test session
screen -d -r test
# 离线hello这个session
screen -d hello 
#恢复离线的hello session
screen -x hello

进程结束

ps -efww|grep ascp |grep -v grep|cut -c 9-15|xargs kill -9 结束ascp程序的所有进程。
可以更换中间的ascp为任何想要结束的程序的名字
说明：管道符“|”用来隔开两个命令，管道符左边命令的输出会作为管道符右边命令的输入。
ps　-efww是查看所有进程的命令。这时检索出的进程将作为下一条命令grep的输入，注意要结束其它程序时，请将上面命令中的vim替换成其它程序名。
grep -v grep是在列出的进程中去除含有关键字“grep”的进程。
cut -c 9-15是截取输入行的第9个字符到第15个字符，而这正好是进程号PID。
xargs kill -9中的xargs命令是用来把前面命令的输出结果（PID）作为kill -9命令的参数，并执行该命令。
kill -9会强行杀掉指定进程，这样就成功清除了同名进程。

切换到不同的目录位置cd

cd ~ 快速进入/home/chaimol目录（在非root用户模式下）
cd - 返回进入本目录前所在的目录
mkdir newfile 创建一个名字为newfile的文件夹
cd ../ (进入上一级目录)
cd ./home (进入同级的home文件夹)
mkdir name新建一个名字是name的文件夹
touch myfirst.txt 新建一个名字为myfirst的txt文件
rm -rf myfirst.txt 删除名字为myfirst.txt的文件
ln -s /home/user/smpamples.peopleRNAseq/ /home/f 设置超连接，用home目录下的f文件夹软超连接到/home/user/smpamples.peopleRNAseq/目录。访问/home/f,，就相当于访问上述目录。

复制cp

cp inex.html testBaidu
复制index.html到testBaidu文件夹内（会自动把时间戳改为当前的时间戳）
cp -p index.html testBaidu
复制index.html到testBaidu文件夹内(时间戳仍然是源文件的时间戳)
cp index.html index.css index.js testBaidu
复制index.html，index.css，index.js文件到testBaidu文件夹内
cp -r cat dog
把cat文件夹复制到dog文件夹内

移动、重命名mv

mv cat dog cat重命名为dog
mv cat/ dog/ cat文件夹内容移动到dog文件夹，同时删除cat文件夹
rm index.html 删除index.html 会要求确认是否删除，输入y，则删除。
rm -f inex.html 删除index.html ，不要求再次确认。
rm -r dog/ 删除dog文件夹，需要再次确认，输入y，则删除。（删除文件夹时，则会进入该文件夹，要求你一一确认是否删除文件夹里的每一项）
rm -rf dog/ 删除dog文件夹，不需要再次确认。

查看文件夹内容ls

pwd 显示当前所在的目录
dir 查看目录内容（只显示文件名）
ls -l 查看所在目录内容（包括文件名和时间等详细列表）
ls -la 查看包含隐藏文件在内的本目录所有内容（文件大小全部显示以字节为单位显示）
ls 显示当前所在的目录内容（只显示文件名）
ls / 显示根目录的内容
ls -a 显示本目录内包含隐藏文件在内的所有文件（只显示文件名）
ls -ld 显示本目录自身的信息
ls -lh 显示本目录下所有内容（以列表的形式，只是文件大小会以合适的单位表示）
file index.css 确认index.css的文件格式
cat index.css 打开index.css文件查看文本文件
less index.txt查看index.txt文件

使用less打开后命令

g 返回头部
G 返回底部
/chaimol 搜索chaimol
n 搜索后的操作。小写的n向上搜索
N大写的N,向下搜索。
（键盘按键）pageUp 上一页
（键盘按键）PageDown 下一页
q 退出

Linux的日期是以1970年1月1日为1，开始计算天数的。例如3，表示1970年1月3日。

目录系统（Linux系统文件名区分大小写）

1.home目录
root用户的目录是/root
普通用户的目录是/home/用户名
2.bin目录
常用的可执行文件
/bin、/usr/bin、/sbin等
3.外部设备mountpoint
/media、/mnt
当检测到设备时会自动挂载
4./etc，系统配置文件
5./tmp,临时文件
6./boot 系统内核和开机必要文件
7./dev 系统所有的设备文件
8./usr
unix system resource(系统文件)
保存程序的相关文件
9./lost+found
每个分区都会自动创建
10./var、/srv(保存数据库数据等，会自动增大)
11./proc
12./lib、/usr/lib、（可复用的库）

更改文件的权限

r 读
w 写
x 执行

更改文件的权限的方式

使用ls -l查看目录文件的详细列表包括使用权限日期内容等。
例如：下面的
drwxrwxr-x 3 root root 4096 05-31 17:25 perm
前面的d是目录文件，依次是U（拥有者）G（用户组）O（其他）的权限。
这里是d(目录)rwx（拥有者——拥有读写执行权限）rwx(用户组——拥有读写执行权限) r-x(其他——拥有读执行的权限)

使用字符表示法
chmod [-R] UGO+rwx perm //将perm目录（如果添加了—R，则更改权限包括目录下所有文件）权限更改为全部具有读写执行操作。
使用数字模式
r 4
w 2
x 1
没有权限是0
chmod 777 perm//将perm目录权限更改为全部具有读写操作。
使用可视化界面改变

压缩打包
压缩工具
Linux支持的压缩格式

*.Z ,compress程序压缩文件
*.gz ,gzip程序压缩文件
*.bz2 ,bzip2程序压缩文件
*.tar ,tar程序打包文件，并未压缩
*.tar.gz ,tar打包的档案，使用gzip压缩
*.tar.bz2 ,tar打包的文件，使用bzip2压缩

gzip压缩工具

gzip perm压缩perm
gzip -c perm >perm.gz 压缩perm，同时保留原文件。
gzip -cv perm.gz 显示perm.gz的压缩比
gzip -c perm 压缩文件perm
gzip -d perm.gz解压缩perm.gz文件
1、gzip � [-cdtv#] � 文件名称 �
� 1）扩展名为*.gz �
� 2）-c：将压缩的数据输出到屏幕上 �
� 3）-d：解压缩的参数 �
� 4）-t：进行文件的一致性校验看是否损坏 �
� 5）-v：显示和原文件相比的压缩比 �
� 6）-#：压缩等级，-1最快，-9最慢，默认是-6 �

2、bzip2 � [-cdkzv#] � 文件名称 �
� 1）扩展名为*.bz2 � �
� 2）-c：将压缩的数据输出到屏幕上 �
� 3）-d：解压缩的参数，该参数代表执行解压缩操作 �
� 4）-k：保留原文件并不删除原始文件 �
� 5）-z：压缩的参数，该参数代表是执行压缩操作 �
� 6）-v：显示和原文件对比的压缩比 �
� 7）-#：压缩等级，-1最快，-9最慢，默认是-6 �

Linux文件打包指令

1、tar � � [-jcv] � –f � finaname.tar.bz2
� 待压缩的档案或者目录名 �
� 将某个文件或者目录打包并使用bzip2压缩成一个文件 �
2、tar � � [-jxv] � –f � filename.tar.bz2 � –C � 解压缩的目录 �
� 将压缩文件解压缩至特定的目录 �
3、参数解释 �
� 1）-c：建立打包档案 �
� 2）-t：查看打包的文件都有哪些文件名 �
� 3）-x：解压缩或者解打包文件，和-C搭配使用解压缩至特定目录 �
� 4）-j：通过bz2支持进行压缩或者解压缩 �
� 5）-z：使用gzip进行压缩或者解压缩 �
� 6）-v：将正在处理的文件名显示出来 �
� 7）-f：紧跟要被处理的文件名，建议单独写一个选项 �
3.使用zip压缩打包
zip -f filename.zip 文件夹名 //使用zip压缩

vi编辑器（记事本）
vim编辑器（编写代码使用，全面兼容vi的指令）
vi常用的命令
vi perm 打开文件perm,如果不存在，则会在保存时，新建并保存该文件。
vi的三种模式
1）命令模式，可以移动光标，修改、删除、复制、搜索
2）插入模式，通过a或者i或者o进入，可以修改文件内容
3）扩展模式，在insert，模式下先按下Esc键（左上角），再按冒号：通过:进入，退出、保存、查找替换

4.命令行下删除更改复制
Change Delete Yank(copy)
Line cc dd yy
Letter cl dl yl
Word cw dw yw

5、撤销操作
1）u，撤销最近一次的修改，undo
2）ctrl-r，取消最后一次的撤销，redo
3）U，撤销所有修改
6、查找操作
1）/text，向后搜索
2）?text，向前搜索
3）n，(按下n键)搜索下一个同样的内容
4）N (按下n键和shift键) 搜索上一个同样的内容
7、粘贴操作
1）用p粘贴复制、修改或者删除的数据
2）对于行，p粘贴在行上，P粘贴在行下
3）对于字符，p粘贴在字符右侧，P粘贴在字符左侧
8、命令模式下的一些技巧
1）dtc，删除从光标到c之间的所有字符
2）rc，将光标下的字符替换为c
3）dw删除游标处所在的字符
4）5dd，删除5行数据
5）5yy，复制5行数据
6）5x，删除5个字符
7）R，进入替换状态，esc退出
9、保存、退出，进入扩展模式
1）:w，保存
2）:q，退出
3）:wq，保存并退出
4）:w!，强制保存
5）:q!，强制退出
6）:wq!，强制保存退出

vi编辑器的进阶使用
1、文件内定位
1）G，跳转到文件最后一行
2）1G，跳转到文件的第一行
3）ctrl+d，往下滚动半屏
4）ctrl+u，往上滚动半屏
2、屏幕定位相关
1）H，跳转到本屏显示的第一行
2）M，调转到本屏显示的中间一行
3）L，跳转到本屏显示的最后一行
4）z+Enter，使当前的行成为屏幕显示的第一行
5）z-，使当前行成为屏幕的最后一行
3、查找并批量替换
1）通过sed来查找
2）默认对当前行进行查找
3）1,10，对1-10行进行查找
4）1, $%，对整个文件查找 4、读取和保存 1）:r file，将另外一个file的内容读入到当前文件 2）1,20 w file，将1-20行的内容写入到一个新的file中 3）1,$ w file，将整个文件写入一个新的file
4）1,20 w>>file，将1-20行数据追加到file中
5）:n，跳到下一个文件
6）:rew，回到第一个文件
5、查找并批量替换
1）通过sed来查找
2）默认对当前行进行查找
3）1,10，对1-10行进行查找
4）1, $%，对整个文件查找 6、读取和保存 1）:r file，将另外一个file的内容读入到当前文件 2）1,20 w file，将1-20行的内容写入到一个新的file中 3）1,$ w file，将整个文件写入一个新的file
4）1,20 w>>file，将1-20行数据追加到file中
7、设置
1）:set，显示常用的配置选项
2）:set all，显示所有的配置选项
3）:set number，设置行号

下载文件
wget https://www.baidu.download.min.css //从指定网址下载文件
wget https://www.baidu.download.min.css
--no-check-certificate
//当遇到ssl错误时，后面添加该命令。可解决无法下载的问题。
cal >pem2 //cal是输出日历命令，后面的大于号（重定向），是把屏幕的输出保存到perm2里。如果perm2不存在，则新建并保存输出的数据。注意:执行此操作会替换文件里原有的内容。
cal >>pem2 //这里的两个大于号（重定向），是追加到pem2,并保存。

mkdir test&&cd test&&touch baidu.txt //这里连接几个命令用的是&&，只有在前一个命令正确执行后，后一个才会继续执行。
bash1||bash2 //这里的|| 表示，只有前一个命令执行错误时，才会执行后一个命令。

管道命令

管道符是|

cat perm |wc -l //统计perm里有几行内容
cat perm |wc -w //统计perm里总共有几个词
cat perm |wc -m //统计perm里字符数

更改环境变量
vim ~/./.bashrc在其后面增加内容后，执行source ~/./.bashrc
vim /etc/profile 在其后面增加内容后，执行source /etc/profile
export 查询环境变量
echo $PATH单独查看PATH环境变量

mysql数据库的连接
详细地址：
[http://www.cnblogs.com/mfryf/archive/2012/02/12/2348164.html]
mysql -u root -p 123 //连接数据库用户名为root ，密码为123

mysql数据库里面的操作命令
show databases; //显示当前所有的数据库名
create database phplesson1; //创建新的名为phplesson1的数据库。
use phplesson1; //使用名为phplesson1的数据库。
source lesson1.sql; //导入表名为phplesson1.sql的表
source userinfo.sql; //导入表名为userinfo.sql的表

pm2使用
$npm install pm2 -g # 命令行安装 pm2$ pm2 start app.js -i 4 # 后台运行pm2，启动4个app.js
# 也可以把'max' 参数传递给 start
# 正确的进程数目依赖于Cpu的核心数目
$pm2 start app.js --name my-api # 命名进程$ pm2 list # 显示所有进程状态
$pm2 monit # 监视所有进程$ pm2 logs # 显示所有进程日志
$pm2 stop all # 停止所有进程$ pm2 restart all # 重启所有进程
$pm2 reload all # 0 秒停机重载进程 (用于 NETWORKED 进程)$ pm2 stop 0 # 停止指定的进程
$pm2 restart 0 # 重启指定的进程$ pm2 startup # 产生 init 脚本保持进程活着
$pm2 web # 运行健壮的 computer API endpoint (http://localhost:9615)$ pm2 delete 0 # 杀死指定的进程
$ pm2 delete all # 杀死全部进程

rename命令

批量重命名文件

#把所有以R18019091开头的文件重命名为w开头。
rename R18019091 w R18019091*

shell脚本使用

新建名为test.sh的shell脚本文件
内容如下

#!/bin/bash //使用bash解析器
echo "hello world!"//屏幕输出hello world
chmod 777 test.sh //使脚本具有执行权限

eval是个好工具
例如：

date //Fri Apr 13 21:32:10 DST 2018
echo date //date
eval `echo date` //Fri Apr 13 21:32:10 DST 2018

简单说，eval可以对命令里的变量进行二次运算。相当好用的命令。

Linux常用命令使用说明