之前的推文 跟着Nature microbiology学画图~R语言ggplot2画气泡图 有人问到如何将图例的 实心点 改为 空心点 ，当时我自己也不知道，第二天他自己搞定了，并且把实现代码发给了我，在这里记录一下如何实现
常规气泡图的图例
示例数据就直接用内置的鸢尾花的数据集了
library(ggplot2)
colnames(iris)
ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+
geom_point(aes(size=Petal.Length,color=Species))+
guides(color=F)+
scale_size_continuous(range = c(5,10),
breaks = c(2,4,6))
image.png
image.png
那如何变成如上这种空心的圆呢？
我开始想复杂了，以为需要去图例相关的参数里进行设置，原来直接更改点的形状就好了，给shape参数设置成21就好了
ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+
geom_point(aes(size=Petal.Length,color=Species),
shape=21)+
guides(color=F)+
scale_size_continuous(range = c(5,10),
breaks = c(2,4,6))
image.png
这样的话图上的点也都变成空心的了，如果想把图上的点设置成实心的，就再增加一个fill参数就好了
ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+
geom_point(aes(size=Petal.Length,
color=Species,
fill=Species),
shape=21)+
guides(color=F,fill=F)+
scale_size_continuous(range = c(5,10),
breaks = c(2,4,6))
image.png
这里还可以看到图例是带灰色背景的，如果想要去掉怎么办呢？答案是在主题里设置
legend.key参数
ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+
geom_point(aes(size=Petal.Length,
color=Species,
fill=Species),
shape=21)+
guides(color=F,fill=F)+
scale_size_continuous(range = c(5,10),
breaks = c(2,4,6))+
theme(legend.key = element_blank())
image.png
这里的key对应的中文意思是什么呢？
image.png
添加椭圆的分组边界
用到的是stat_ellipse()函数
ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length,
y=Sepal.Width,
color=Species))+
geom_point()+
theme(legend.key = element_blank())+
stat_ellipse(aes(x=Sepal.Length,
y=Sepal.Width,
color=Species,
fill=Species),
geom = "polygon",
alpha=0.5)
image.png
添加圆形的分组边界
用到的是ggforce这个包里的geom_circle()函数
library(ggplot2)
library(ggforce)
colnames(iris)
ggplot()+
geom_point(data=iris,aes(x=Sepal.Length,
y=Sepal.Width,
color=Species))+
theme(legend.key = element_blank(),
panel.background = element_blank(),
panel.border = element_rect(color="black",
fill = "transparent"))+
geom_circle(aes(x0=5,y0=3.5,r=1),
fill="blue",
alpha=0.2,
color="red")+
xlim(2,8)+
ylim(2,8)+
geom_circle(aes(x0=7,y0=3,r=1),
fill="green",
alpha=0.2,
color="red")
image.png
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