conda是什么
Anaconda 是一个用于科学计算的 Python 发行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。
而本文要安装的Miniconda 是一个 Anaconda 的轻量级替代，默认只包含了 python 和 conda，但是可以通过 pip 和 conda 来安装所需要的包。
说白了conda就是一个软件包的管理库，可以方便地安装各种软件，当然也包括生信分析中常用的各种软件。
Miniconda的下载
Miniconda的下载有两种方式：
- 从官网上（https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html）下载最新的版本
根据自己python的版本以及32/64位下载即可，右键“复制链接地址”
$ wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下载这个最新版的即可
$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Miniconda的安装
下载的文件Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 是没有执行权限的，这里我们修改一下该文件的权限。
$ chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
这里要注意的是不要将conda加入环境变量，避免环境变量被污染
Miniconda启动
因为我们没有将conda加入到环境变量中，所以我们需要手动启动conda
先切换到./miniconda3/bin，找到activate文件
$ cd ~/software/miniconda3/bin/
$ ll miniconda3/bin/ | grep activate
## -rwxrwxr-x 1 ldaforreal ldaforreal 210 Jun 8 11:18 activate*
## -rwxrwxr-x 1 ldaforreal ldaforreal 298 Jun 8 11:18 deactivate*
如果activate文件是有执行权限x的话就无需修改权限，否则就用chmod 777使其可执行
之后，使用以下命令即可启用conda
$ source ./activate
启动后会在命令行首出现当前conda环境的标志(base)
添加channels
添加channels后，就可以下载该channel下的软件了，这边顺便把清华的镜像channels添加进去（国内用户使用快点）
$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
$ conda config --set show_channel_urls yes ## 显示channels的链接
查看已添加的channels
$ conda config --get channels
要注意的是最后添加的channels是最高优先级的。
conda 安装
conda 安装软件十分简单
$ conda install fastqc
以下是一些常用的生信软件
$ conda install multiqc
$ conda install trimmomatic
$ conda install star
$ conda install samtools
退出conda
$ conda deactivate
在conda环境下安装的软件在退出conda后无法使用，可以通过为软件创建软连接的方式解决：
“ 卖萌哥” 提供的解决方案：
环境操作
$ conda create --name env python=2.7 ## 创建一个名为‘env’的python版本为2.7的环境
$ conda create --name clone --clone env ## 复制‘env’环境到‘clone’环境
$ conda remove --name env --all ## 移除‘env’环境
快速启动conda
由于我们没有把conda加入环境变量$PATH ，所以每次想使用conda时，都需要敲入$ source ./miniconda3/bin/activate 这样一长串命令。但我们也可以通过alias这个别名命令省点功夫。
我们需要在.bashrc文件中创建一个快速启动conda 的命令，其实就是相当于将我们启动conda的那一长串代码赋予了一个别名conact
注意千万不要修改
.bashrc文件中的其他内容！！！（在你对linux系统并不十分熟悉的时候，不建议你这样做）
.bashrc文件相当于一个系统配置文件，我们在这里设置别名命令就不用每次登录时都设置一遍。
总而言之
conda是一个十分好用的软件管理工具，最直接的当然是方便我们安装各种软件和工具包。但除此之外它提供的更加是一个简洁的开发环境，我们可以通过创建不同的环境来进行不同的分析操作，例如设置genome环境专门处理基因数据，设置一个proteome环境分析蛋白质组数据等等。不同环境的设置保证了我们分析的简洁性，避免了其间软件的相互干扰。
持续更新：Conda常用操作
## 查看已安装命令
conda list
## 安装软件到指定环境
conda install -n <env name> <pkg name>
## 指定环境的路径安装包
conda install --prefix=/path/to/install <pkg name>
## 安装指定channel的指定版本软件
conda install -c conda-forge R r=4.0
## 卸载包
conda uninstall <pkgs name>
## 更新包
conda update <pkgs name>
## 显示所有的虚拟环境
conda info --envs
## 搜索包
conda search <pkgs name>
- 参考文章：
完。
