准备工作-安装bzip2
yum install -y bzip2
安装miniconda
下载miniconda
百度/谷歌搜索“miniconda”(是英文网站)=》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来,查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制下载链接
cd biosoft
wget 刚才你复制的下载链接
请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了,选中,鼠标左键点一下是复制,右键点一下是粘贴
安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活miniconda
source ~/.bashrc
之后在命令行里输入conda
添加国内镜像
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes
使用miniconda
1查看当前所有软件列表conda list
2搜索软件conda search fastqc
3安装软件conda install fastqc -y
加-y是自动安装
4卸载软件conda remove fastqc -y
conda环境
1查看环境conda info --envs
前方带为默认环境*
2建立环境
比如我们要处理转录组数据了,好,先建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic(这两个可以一步完成)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3激活环境source activate rna-seq
4卸载一个环境中的软件
卸载某个软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
全部卸载,也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --all
注意:最后卸载环境的时候,需要先退出当前环境,因为自己肯定不能把自己删除吧,使用source deactivate