如何在windows和mac上安装ENMTools

windows安装ENMTools

  • 安装好R 3.5 (64位) 和Rstudio (建议把32位的R同时勾上,一起装上,方便后面切换)

  • 安装JDK(最好不要用JRE),安装和R版本相同的java(即64位的R,就安装64位的jdk,最好32和64位同时安装,下载地址

  • 设置java的环境变量,参考这个帖子

    • 添加 jvm.dll to your PATH (参考这个这个)
      • 打开windows环境变量:系统属性-高级系统设置-环境变量-Path-编辑(参考这个)
      • 去掉所有和java相关的变量(用户变量和系统变量都删除)
      • 添加到用户变量的PATH:%JAVA_HOME%\jre\bin\server;
    • 验证:
      • 在windows的CMD里面输入java,显示“'java' 不是内部或外部命令,也不是可运行的程序 或批处理文件。”
  • 下载ecospat

  • 安装代码:

install.packages("rJava") # reinstall if you switch from x64 to x32 R version
library(rJava)
install.packages("devtools") 
library(devtools) 
# install the x64 and x32 version of JDK first, rather than JRE
Sys.setenv(JAVA_HOME="")
Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_171\\")
# Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files (x86)\\Java\\jdk1.8.0_171\\") # for 32-bit R version, if the 64-bit is not working


install_github("danlwarren/ENMTools") # 如果出错“Error : object 'descendants' is not exported by 'namespace:phyloclim'”,用develop brach,即:
install_github("danlwarren/ENMTools",ref="develop") 
#提示错误,缺少ecospat包
install.packages(c('ade4', 'adehabitatHR', 'adehabitatMA', 
                   'biomod2', 'ecodist', 'maptools', 'rms', 'MigClim', 'gtools', 
                   'PresenceAbsence', 'classInt')) 
install.packages("C:/Users/18213/Downloads/ecospat_2.2.0.tar.gz", 
                 repos = NULL, type = "source")  # 安装下载的ecospat包, 路径换成你自己的
install_github("danlwarren/ENMTools",ref="develop") 
  • 提示:如果下载ENMTools或者install.packages出错/没反应,可能需要翻墙

mac安装ENMTools

  • 安装好R 3.4(不要升级到3.5)
  • 安装代码:
install.packages("devtools") 
library(devtools) 
install_github("danlwarren/ENMTools") 
library(ENMTools)
  • 如果因为java出错,更新java后设置好路径(参考这个帖子)
sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
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