conda简介
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。
安装conda
conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。
下载网址
conda官网：https://conda.io/miniconda.html
选择适合自己的版本，用wget命令下载。
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装命令：
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行
一路yes，安装成功
激活conda
找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate
给activate添加一下权限才能使用
#添加权限
chmod 777 activate
接下来启动conda
. ./active
#这两个点不是连在一起的
需要注意一下的是/active前面的两个点之间不是连着一起的.
需要分开，其实这条命令也相当于source ./active
当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list 命令就有反应了
conda list
以下是输入conda list 显示的结果
利用conda安装生物信息软件
安装命令:
conda install samtools
搜索需要的安装包:
提供一个网址,用于事先查找想安装的软件存不存在
conda available packages
当然, 也可以用这个命令进行搜索
conda search samtools
提示错误，PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:，主要是没有为conda添加相应的下载软件安装包的channel
添加生物信息分析常用的channel，添加的是清华的镜像channel
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
另外对channel常用的操作
显示安装的频道
conda config --set show_channel_urls yes
查看已经添加的channels
conda config --get channels
已添加的channel在哪里查看
vim ~/.condarc
添加完channel之后继续下载
利用conda安装生物信息软件
conda install samtools
提示安装进程，显示安装完成
安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置：
which samtools
显示samtools的安装路径
搜索目前软件包有哪几个版本
conda search samtools
如需要安装特定的版本:
conda install 软件名=版本号
conda samtools=1.10
这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。
查看已安装软件:
conda list
更新指定软件:
conda update samtools
卸载指定软件:
conda remove gatk
退出conda环境
退出也很简单，之前我们是. ./activate 或者 (. ~/miniconda3/bin/activate)现在退出只要:
. ./deactivate
就退出当前的环境了
