Create: 2019-03-14
在看CONTRA的脚本，了解CNV分析方法，顺带查找一下其他的CNV分析软件，就看到了FishingCNV，基于RPKM，学习了一下相关知识，记录如下：
1.CNV分析相关资料
2. 标准化
参考：RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法
1.1 Housing-Keeping基因
孟浩巍《生物信息学100个基础问题 —— 第38题 当转录组普遍变化时RNA-Seq怎么进行分析(1)？》
1.2 TCS Total count scaling
缩放因子的概念
像CONTRA 中就取了一个list，各元素为样本mapping上的bases总数，计算list中元素的几何平均数，缩放因子即为goem_ave/g[i]
1.3 Median of Ratio (DEseq2)
1.4 TMM trim mean of M value (edgeR)
3. FPKM RPKM TPM概念
定义：
FPKM.png
TPM.png
参考：
关于readsCount、RPKM/FPKM、RPM、TPM的理解
生物信息学100个基础问题 —— 第35题 RNA-Seq 数据的定量之RPKM和FPKM
生物信息学100个基础问题 —— 第36题 RNA-Seq 数据的定量基本假设以及TPM
理解：
1、 FPKM计算的是基因的相对表达量，如果两个样本A和B，均发生基因水平的上调，则FPKM/RPKM这个值是不会改变的。
2、 FPKM有效校正了不同样本测序导致的总reads数不同导致的错误，且考虑到了exon长度的问题
