一、查看Anaconda是否已安装
MultiQC是一个基于Python的模块,而Anaconda指的是一个开源的Python发行版本,其包含了conda、Python等180多个科学包及其依赖项。
安装MultiQC前可先安装Anaconda,以达到安装MultiQC所需要的环境。
在已经安装Anaconda的情况下,安装MultiQC非常简单,直接在shell命令面板中输入以下命令:
conda install -c bioconda multiqc
以上引自>https://www.jianshu.com/p/85da4dcc6020
因此,先查看虚拟机是否已经安装了Anaconda,输入命令:
ls
more Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
发现,Anaconda已安装:
查看conda:
conda --version
说明conda已安装。
二、MultiQC的安装
输入命令:
conda install -c bioconda multiqc # install multiqc
(等待...)
错误:安装环境有问题
目前没有解决。。
三、MultiQC运行
fastqc文件上传至Seqs目录下
运行直接指定MultiQC要分析的文件路径,若数据在当前目录下,直接输入multiqc .
multiqc .
multiqc data/
multiqc data/ ../proj_one/analysis/ /tmp/results
multiqc data/*_fastqc.zip
multiqc data/sample_1*