Linux环境下的软件安装准备工作：
- 检查有没有
bzip2(解压软件）-没有，输入yum install -y bzip2安装
下载miniconda（类似APP store）
搜索miniconda——linux下有64bit/32bit（根据自己服务器来选择）安装python3.6——复制链接——cd biosoft进入biosoft 目录——wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh——下载完成
安装miniconda
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bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh开始安装——一路Enter，看yes/no输入yes——回车——安装结束输入yes——激活source ~/.bashrc——命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了，出现一行简短的报错说明挂了。 - 添加镜像---使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
把上面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车。
开始使用condan
- 查看当前所有软件列表
conda list - 搜索软件
conda search fastqc - 安装软件
conda install fastqc -y【加上-y是自动安装，你可以试试不加-y有什么区别】 - 卸载软件
conda remove fastqc -y
conda环境
- 查看当前conda有哪些环境
conda info --envs - 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y - 激活环境
conda activate rna-seq输入fastqc开始使用 - 卸载环境中一个软件
conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸载所有软件——conda deactivate退出当前环境——conda remove -n rna-seq --all卸载环境
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Day3Linux如何安装软件.png
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