在线绘制聚类热图 - 简书 (jianshu.com)本文主要框架来自以上链接
聚类热图是转录组测序类文章中常见的一种分析内容。今天小编就给大家讲解一个在线绘制聚类热图的方法。
我们使用的在线工具网址：
http://www.heatmapper.ca/expression/
打开后的页面是如下所示：
该在线工具有几个优点：
1、支持不同的颜色配置；
2、支持样品和基因的双聚类；
3、支持基因名称的显示；
4、支持多种格式图片的下载。
绘图之前，需要准备相应的数据文件。在这里小编使用的是基因的表达量数据来绘制聚类热图。
数据文件准备好之后，需要把该文件上传，上传完成之后需要稍等片刻（在线工具有延时），右侧图形展示区域就会显示聚类热图。再根据右侧参数进行相应设置即可完成聚类热图的绘制。
如果基因数目比较多，基因名称显示会不清晰，我们可以将图片下载下来，然后再使用其他软件进行修改，比如使用AI进行修改。
作者：组学大讲堂
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来源：简书
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补充：# scale = "row"的含义是绘图时按行进行均一化。进行均一化可以降低个别特殊样品与其它样品间的差异，这会使得其它样品间的差异在图形中更加显著。
通过设置cluster_col和cluster_row参数可以控制是否取消对行或列进行聚类分析
表达量上调的基因最好选红色，下调的选绿色
热图下载PDF文件
使用AI软件（需以管理员身份运行才能打开）进行图片处理，ctrl+s 保存
AI软件简单使用：
AI软件用shift按键选择
选多个时用鼠标划整个区域，可以对整个区域进行移动
ctrl+z是返回上一步，ctrl+shift+z是下一步
怎么对齐文本框：用shift全选然后点右上角对齐文本框
然后用下面软件从PDF转成JPG
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