论文
A polar bear paleogenome reveals extensive ancient gene flow from polar bears into brown bears
https://www.nature.com/articles/s41559-022-01753-8
本地pdf文件
A polar bear paleogenome reveals extensive ancient gene flow from polar bears into brown bears.pdf
代码
https://github.com/PopGenomics-WMS/Bruno_aDNA_analysis
这个脚本用到了 Pool python多线程处理，主要学习这个内容
遇到的问题一
如果是在windows系统下运行脚本
python vcf2fasta.sjf.py -v new.vcf -op abc -nt 4
abc是一个文件夹，需要在当前目录下存在
这里会遇到报错NameError: name 'dict_run' is not defined 这里的dict_run是使用global定义到函数里的一个变量，linux系统下就没有这个问题，windows学习通下的python是3.8.3，linux系统下的python版本是3.9.1
遇到的问题二
使用脚本的时候linux系统下不知道为啥用tab键不能补全文件名，暂时不知道是什么原因
遇到的问题三
脚本里定义了每种基因型对应的碱基序列
这里非纯合的位点定义为M R W这些是为啥，暂时想不明白
这个脚本有局限是，他定义了vcf文件的基因型
如果vcf文件的基因型不是这些的话就会报错keyError
python多线程的一个简单小例子
from multiprocessing import Pool
def make_new_file(filename):
with open(filename,'w') as fw:
fw.write('xiaoming')
def abc():
aa = ['aaa.txt','bbb.txt','ddd.txt','eee.txt']
with Pool(3) as p:
p.map(make_new_file,aa)
p.close()
p.join()
if __name__ == '__main__':
abc()
print("ABCD")
这里Pool这个函数好像是必须搭配if __name__ == '__main__':这个语句
参考链接 https://docs.python.org/3/library/multiprocessing.html
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