随着人体微生物组项目的开展，对人体口 腔微生物组的研究也日渐增多，NIH牙颅颌面研究 所（national institute of dental and craniofacial re - search，NIDCR）于2008年启动了第一个口腔微生物组综合数据库——人体口腔微生物组数据库（human oral microbiome database，HOMD）。HOMD于2008年3月25日正式对公众开放，它是由美国波士顿福赛斯研究所和伦敦国王学院的科学家联手建立的，对口腔细菌的类型、新陈代谢、致病能力等进行了详细记录，提供了它们的数千种基因。该数据库的网站地址为http://www.homd.org。数据库的详细资料将口腔细菌的DNA、蛋白质信息和相关论文关联在一起，方便使用者查询。
创建扩展的人类口腔微生物组数据库（the expanded Human Oral Microbiome Database，eHOMD）的目的是为科学界提供有关人类呼吸消化道（aerodigestive tract，ADT）中存在的细菌物种的全面的信息，其中包括上消化道和上呼吸道，即口腔腔，咽，鼻腔，鼻窦和食道。 eHOMD也适用于下呼吸道。目前，eHOMD包括总共770种微生物物种，687种来自HOMD的14.51种，并且根据口外呼吸消化道微生物群的公开数据在该扩增中添加了83个物种。在所有物种中，57％被正式命名，13％未命名但已经成功培养。 eHOMD的一个重要方面是，它基于16S rRNA序列系统发育，为目前未命名的分类群提供临时命名方案。因此来自任何实验室的菌株，克隆和探针数据可以直接与稳定命名的参考策略相关联。 。 eHOMD将序列数据与表型，系统发育，临床信息联系起来。作为HOMD项目，人类微生物组计划和其他测序项目的一部分确定的呼吸消化道细菌的基因组序列正在被添加到eHOMD中。目前，eHOMD上有475种分类群的基因组（占所有分类群的62％，培养分类群的85％）。 eHOMD网站提供易于使用的工具，用于查看所有公开可用的ADT细菌基因组。
我们来看一下数据库分析的pipeline，给出了完整的Demo，可说是很贴心了。而且这个pipeline对计算要求并不高，本身数据库比较小嘛，用的方法也是常见的BlastN。所以如果您是做口腔微生物方面的研究，真的值得到这里试一试呢。
其中种水平的BlastN数据库以及注释方法如下：
可看出数据库最新更新时间是2018年2月26日，算是比较新的了。
参考：
eHOMD|官网
人体口腔微生物组研究最新进展
Dewhirst, F.E., Chen, T., Izard, J, Paster, B.J., Tanner, A.C.R., Yu, W.-H., Lakshmanan, A., Wade, W.G. (2010) The Human Oral Microbiome. J. Bacteriol. 192: 5002-5017.
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