叶绿体边界的变化似乎反映了物种的进化历程，在叶绿体比较分析的文章中还有些意义，那个SSR分析我真的不知道有啥生物学意义，同理是mvista，就是个比对的图像。
不过到底还是文章需要内容，也是希望在单纯的DNA序列内挖掘更多的信息，多方面的比较还是有些意义的。然而这一切都极可能毁于微小的注释错误和拼接错误。
1 最重要的第一件事，重新检查审视叶绿体基因组序列，尤其是IR边界的基因注释。许多序列在拼接完成后依然有着许多错误，这里面有拼接方法和注释方法的问题。
1） 转移到核内的基因片段会被错误的拼接到叶绿体对应位置
2）而且基因组拼接产生的洞会干扰注释的位置和有无
3）Novoplasty拼接完成后，一般会分成两条contig，这两个序列IR区的左右位置不同，需要设计引物验证，或者使用脚本挑出叶绿体的reads并map到参考序列上来确认IR边界。
4）repeat finder 使用时，要将repeat大小的值调到尽可能小，不然IR边界部分的序列可能会因为测序错误或拼接错误无法被查找为repeat序列（即IR区），这对IR边界分析结果影响极大。在这里我推荐使用PGA-master对叶绿体注释获取IR区的注释，因为repeat finder在使用中总是不能忽略可能存在的测序错误，而产生十分大的IR/SC边界差异。在测序的部分物种中注释错误可能会达到600bp的差异，需要仔细检查。一般来说，同一科的植物，叶绿体边界差异会相当小，属内的差异几乎为0。需要手动校对两端差异。
2 IR边界分析使用的软件
IRscope，这个软件可以用于批量绘制IR边界分析图。纵观之前叶绿体基因组IR边界分析的论文，能看到 这些文章大都是分析几个编码基因在IR区域上的变化，从而反应IR区扩张收缩，以及讨论基因在IR边界程度可能代表的意义。
这个网站可以下载R包在本地运行，所以 网站崩溃 这个问题不算是问题。不过，源于注释的问题依然存在，使得IR边界分析图在部分物种中使用不便。
这里展示了其中一种，即假基因的问题，第一条序列的假基因没有被注释，所以没有显示在软件做的图中。第二条序列我只注释了假基因ycf1删掉了真ycf1的注释。检查自己序列的注释是非常重要的，不然就会像这种，根本不可用。其他存在的问题可能就是算法的原因了，比如展示了多个rRNA的注释，没有展示对应位置编码基因的注释，这些可以先更改gb文件删掉rRNA或tRNA区来解决，最后还可以自己使用ppt或者AI手动绘图增加注释。
3 问题补充 以后再说
