使用的命令以及报错信息
CMD :
/nfs1/public2/User/bin/python2.7 rmats.py \
--b1 Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miR/mPSK_vs_miR_b1.txt \
--b2 Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miRmPSK_vs_miR_b2.txt \
--gtf 1.0.44.gtf --od Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miR/results \
-t paired --nthread 10 --readLength 101 --cstat 0.0001 --libType fr-firststrand
Info:
[1] 7426 segmentation fault (core dumped) rmats.py --b1 --b2 --gtf --od -t paired --nthread 10 --readLength 101 0.
segmentation fault
段错误，尝试使用ulimit -S -s 20000以及ulimit -S -s unlimit,仍然报错。
因此设置ulimit -c 1020 ，再运行一次，获得日志信息
gdb调试
#进入gdb调试界面
gdb /nfs1/public2/User/bin/python
#开始调试
(gdb) r /nfs1/public2/User/bin/python2.7 rmats.py \
--b1 Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miR/mPSK_vs_miR_b1.txt \
--b2 Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miRmPSK_vs_miR_b2.txt \
--gtf 1.0.44.gtf --od Isoform_Alternative_Splicing/mPSK_vs_miR/results \
-t paired --nthread 10 --readLength 101 --cstat 0.0001 --libType fr-firststrand
#报错信息
Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
__Pyx_PyObject_GetAttrStr (obj=0x0, attr_name=0x7ffff70af270) at rmatspipeline/rmatspipeline.cpp:917
917 rmatspipeline/rmatspipeline.cpp: No such file or directory.
手头只有这个软件rmatspipeline.so文件，看样子是GetAttrStr对象运行报错。推测应该是文件格式不正确导致的。测试其他项目分析正常。
陷入僵局
后续需要再检查一下注释文件等信息，格式是否正确
