R语言作图——Violin plot with dot

原创：黄小仙

小提琴图之前已经画过了，不过最近小仙又看到一种貌美的画法，决定复刻一下。
文献中看到的图如下：

Step1. 绘图数据的准备

首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。

作图数据如下：

Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F

Step3. 绘图所需package的安装、调用

library(ggplot2)  
library(reshape2)              
# 注释：package使用之前需要调用

Step4. 绘图

data_melt <- melt(data)
ggplot(data_melt, aes(x = variable , y = value , fill = variable)) +
  geom_violin(alpha = 0.5,aes(linetype=NA)) + 
  geom_jitter(shape=21,aes(fill=variable),position = position_jitter(width = 0.2))+
  xlab("Gene")+ylab("Score")+
  theme_bw()+theme(legend.position = "none")

关于geom_violin()里的linetype
如果不指定linetype，默认会有黑色边框

关于geom_jitter()
若指定jitter里的width=0，效果图如下：

jitter的shape可以有很多种类型

如果指定shape=24，效果图如下：

最近小仙的话痨病可能又犯了，忍不住想啰嗦几句。
最近小仙真的很没空，同时小仙又是一个对自己很宽容的人，本打算这几个月就不更新了。正巧最近看到村上春树的一本书，《当我谈跑步时我谈些什么》，颇有感慨。本来我对这位作家的了解，仅限于“挪威的森林”这几个字，然而通过“跑步”这本书，意外得知村上从三十多岁高龄开始跑步，如无意外每天长跑，坚持了二十多年，着实有些惊讶。书中的言语小仙早已忘干净，只剩下一个感觉：我再忙，应该也比不上村上春树吧，他可以天天跑，我一个月写一篇总可以吧。
一开始写“R语言作图”，是网上觉得没有简单易懂的教程，就自己尝试创造一个；后来写是想多写几篇文章，获得更多的关注和粉丝；到现在是就像是对自己的考验，看自己能不能坚持。时间更迭，得到了一些帮助，也帮助了一些人，获得了赞同，也收获了举报。也许写文章也是一种长跑，风云变幻、形形色色就是旅程之风景。

（公众号：生信了）

最后编辑于：2020.09.27 16:06:14