Day 6--学习笔记(gfg)

dplyr包

可用于处理R内部或者外部的结构化数据,主要用于数据清洗和整理,主要功能有:行选择、列选择、统计汇总、窗口函数、数据框交集等。

dplyr五个基础函数

table <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]为取iris数据集的第1行-第2行,第51行-52行,第101行-第102行,开始分析

1.mutate(),新增列

mutate(table, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species   new
1          5.1         3.5          1.4         0.2     setosa 17.85
2          4.9         3.0          1.4         0.2     setosa 14.70
3          7.0         3.2          4.7         1.4 versicolor 22.40
4          6.4         3.2          4.5         1.5 versicolor 20.48
5          6.3         3.3          6.0         2.5  virginica 20.79
6          5.8         2.7          5.1         1.9  virginica 15.66

2.select(),按列筛选

(1)按列号筛选

> select(table,1)#第1列
    Sepal.Length
1            5.1
2            4.9
51           7.0
52           6.4
101          6.3
102          5.8
> select(table,c(1,5))#第1和第5列
    Sepal.Length    Species
1            5.1     setosa
2            4.9     setosa
51           7.0 versicolor
52           6.4 versicolor
101          6.3  virginica
102          5.8  virginica

(2)按列名筛选

> select(table, Petal.Length, Petal.Width)
    Petal.Length Petal.Width
1            1.4         0.2
2            1.4         0.2
51           4.7         1.4
52           4.5         1.5
101          6.0         2.5
102          5.1         1.9
> vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
> select(table, one_of(vars))
    Petal.Length Petal.Width
1            1.4         0.2
2            1.4         0.2
51           4.7         1.4
52           4.5         1.5
101          6.0         2.5
102          5.1         1.9
?vars
This helper is intended to provide equivalent semantics to `[select()]

3.filter()筛选行

filter(table, Species == "setosa")#筛选物种为setosa的行
filter(table, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )#筛选物种为setosa且Sepal.Length > 5的行
filter(table, Species %in% c("setosa","versicolor"))#筛选物种为etosa,versicolor的行

4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

arrange(table, Sepal.Length)#默认从小到大排序
arrange(table, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

5.summarise():汇总

summarise(group_by(table, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))#先用group_by()按照Species分组,再计算每组Sepal.Length的平均值和标准差

管道操作

管道操作工具包,通过管道的连接方式,让数据或表达式的传递更高效,使用操作符%>%【 (cmd/ctr + shift + M)加载tidyverse包】,可以直接把数据传递给下一个函数调用或表达式

table %>% 
  group_by(Species) %>% 
  summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

count统计某列的unique值

> count(table,Species)
     Species n
1     setosa 2
2 versicolor 2
3  virginica 2

dplyr处理关系数据

---2个表进行连接,注意:不要引入factor (options(stringsAsFactors = F))
数据框的建立

test1 <- data.frame(x = c('b','e','f','x'), 
                    z = c("A","B","C",'D'),
                    stringsAsFactors = F)
test1
  x z
 1 b A
2 e B
 3 f C
 4 x D
test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), 
                    y = c(1,2,3,4,5,6),
                    stringsAsFactors = F)
test2 
   x y
1 a 1
 2 b 2
 3 c 3
 4 d 4
 5 e 5
 6 f 6

1.內连inner_join,取交集

inner_join(test1, test2, by = "x")
  x z y
1 b A 2
2 e B 5
3 f C 6

2.左连left_join

left_join(test1, test2, by = 'x')
   x z  y
 1 b A  2
 2 e B  5
 3 f C  6
 4 x D NA

3.全连full_join

full_join( test1, test2, by = 'x')
  x    z  y
1 b    A  2
2 e    B  5
3 f    C  6
4 x    D NA
5 a 
6 c 
7 d 

4.半连接:返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join

semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x')
   x z
 1 b A
 2 e B
 3 f C

5.反连接:返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_join

anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x')
   x y
 1 a 1
 2 c 3
 3 d 4

6.简单合并

bind_rows()函数需要两个表格列数相同,
bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数

以上均来自生信星球

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