今天是生信学习的的第四天,今天学习了R语言的安装以及一些基础的操作。
R语言也是生信学习的重要一环,不过相比其他的生信软件而言,r语言可以直接在Windows上安装使用(也有Linux版本的)。
1. R语言的介绍
R是一种编程语言,也是统计计算和绘图的环境,它汇集了许多函数,能够提供强大的功能。
R语言软件界面简陋,通常不直接使用,而是用图形界面的Rstudio。
RStudio是免费提供的开源集成开发环境(IDE)。RStudio提供了一个具有很多功能的环境,使R更容易使用,是在终端中使用R的绝佳选择。
----生信星球
2. 安装R语言前的准备
因为RStudio安装的途径需要系统名称是英文的,否则安装以后会无法正常使用。那么如何判断系统名是否为英文的步骤如下:
2.1 随便打开一个文件夹,点击图中红色方框的图标
2.2 显示如图所示的路径,就表明是英文的系统名,可以直接安装
2.3 若显示路径前几级目录为中文,就需要做出更改
详细更改步骤见当Rstudio杠上中文用户名
3. 下载安装R语言程序(R\RStudio)
具体过程见果子学生信安装教程,在此就不做详细介绍了。
4. 简单认识R和Rstudio
打开R和Rstudio的操作界面,我们发现,R略显简陋,而Rstudio就相对丰富多了,存在多个工作界面,有脚本编辑器(左上)、环境显示界面(右上)、控制台(脚本运行和结果显示)(左下)以及文件/图片/帮助/包的界面(右下)。这也使得我们能够更好地使用R语言。
5. Rstudio的参数设置(以字体为例)
5.1 点击上面的菜单栏的Tools,选择Global Options项目
5.2 然后选择Appearance栏,然后选择自己需要更改的主题,字体等
5.3 更改完后,点击Apply应用更改的参数,然后确定即可。其他参数也是如此,不过具体的还需要自己去摸索。
6. R语言的一些基本操作
6.1 用Rproject管理工作目录
所谓工作目录就是默认的读取和储存位置,也就是说,R语言只能和一个文件夹进行互动,这个文件夹非常重要,做不好就会导致你的脚本、文件、图片各种乱跑,找不到。
----来自生信星球
观看来源与生信星球的R-project管理多个R工作目录,你就会得到更进一步的了解。
6.2 显示文件列表
> dir()
[1] "library"
输入目录查询指令,结果就显示一个"library",就表明在当前工作目录下就存在一个子目录。
6.3 加减乘除计算
> #加法
> 1+9
[1] 10
> #减法
> 2020-1995
[1] 25
> #乘法
> 13*14
[1] 182
> #除法
> 9/3
[1] 3
6.4 赋值
“<-”就表示赋值符号,z<-x-y,就表明将x-y的的结果赋值给了z,一旦在控制台中输入x后,得到的输出结果就是x-y的值
6.5 删除变量
这个命令和Linux的删除命令类似都是使用rm()来删除
a<-3
b <- 1
c <- 4
u <- 5+6
rm(b)
rm(u,c)
rm(list = ls())#清空所有变量
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6.6 查看历史命令
有两种方法:
一是输入history()命令,二是在环境显示界面(右上)的history栏目中查看
6.7 清空控制台
当输入命令过多时,可以通过快捷键ctrl+l来清空,或者是直接点击控制台右上角的扫帚图标就可以清空记录。
今天的学习就到这里了,明天再开始学习新的内容,谢谢!