1 Celescope背景介绍
2 CeleScope安装
git clone 命令:git clone 拷贝一个 Git 仓库到本地,让自己能够查看该项目,或者进行修改。
命令格式:
git clone [url] (注:[url] 是你要拷贝的项目)
例如:git clone https://github.com/tianqixin/runoob-git-test
拷贝完成后,在当前目录下会生成一个 runoob-git-test 目录
运行脚本成功!
默认情况下,Git 会按照你提供的 URL 所指向的项目的名称创建你的本地项目目录。 通常就是该 URL 最后一个 / 之后的项目名称。如果你想要一个不一样的名字, 你可以在该命令后加上你想要的名称
例如:git clone https://github.com/tianqixin/runoob-git-test another-runoob-name
运行脚本成功!
conda create -n celescopewx
创建新的环境
conda activate celescopewx
激活新的环境
安装软件前使用自己创建的新环境
?pip install celescope
命令pip install是什么意思?
3、CeleScope算法
一、构建人的参考基因组(下载基因组-解压基因组-构建参考基因组信息)
测试数据位置:/home/shpc_a98ef85f8f/software/CeleScope0723/CeleScope/test_dir
将上述截图中的rna_1.fq.gz 和rna_2.fq.gz 拷贝到
将上述截图中的rna_1.fq.gz 和rna_2.fq.gz 拷贝到~/SingleronTest/wuxuan/CeleScope/test_dir/celescope_test_data/rna/fastqs中