原创: 胖丫 小麦研究联盟 3天前
超容易的画局部连锁图、局部共线性图的方法
最近听一个硕士师妹讲了一个比较巧合的事情。
师妹硕士毕业进公司成了生信分析员。2年之后辞职打算考博。
初试过了,去面试,一共有10个人。大家按顺序讲讲自己做了啥。
当其中某一个应聘者讲ppt时,她发现里边的几张图很熟悉。
当时她没反应过来,以为就是相似而已。后头一查发现,这些图就来自她接的项目。
就是她曾经服务的客户,现在竟然出现在同一个面试场合。
几天后,一个令她心塞的结果出现,她的客户竟然被选上了。这其中还有她的“助攻”。
有时候不得不说,现实生活比导演还牛逼。
不过,师妹最终还是找到了一个好归宿。
对,就是归宿,因为她不仅考取了理想的读博单位,在那里还遇到了另一半。
这期内容比较干,所以拿师妹这事来说一说。
咱们言归那个正传。
这里只是画局部区间的连锁图。凡是基于位置的图都可以用这种方法画。
工具就是excel、ppt,每台电脑上都应该有吧。
常年接触连锁作图的人可能会知道MapDraw,一个基于excel绘制连锁图的宏脚本。
用它画出的图差不多如下图所示。
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张军利师兄17年的时候将它改造了下,这样可以画 interval和absolute的遗传图(如上图)。这是军利师兄的github地址(https://github.com/pinbo/MapDrawJZ),下载就好。
用微软excel打开会询问你是否启用宏,选择同意即可。
image-20191101211323141
输入格式如下所示。两列即可,第一列是遗传距离,第二列是标记名字。输入确认无误之后,点击红色箭头所示的DrawMap。
image-20191101211602449
然后会弹出如下所示的内容。注意明白红线标出的参数含义,这决定最后画出的遗传图是否美观。
image-20191101211749503
挤
是不是感觉有点挤,将第一个参数调成15试试。
还是有点挤
调整25呢?
这下好了
在excel中选中之后,复制到ppt里,然后就可以魔改这张遗传图的任何元素了。
先选中,然后“排列”,然后“取消组合”。
在排列下拉表里
红色字体加粗
水平翻转
旋转90度
添加QTL
横过来
丑
巨丑(忽略我放荡不羁的配色吧)
关于形状,ppt里选中目标形状,然后右键会有个“编辑顶点”,选择之后可以任意调整形状。
今天到此为止了。此文重在给那些暂时不会用R、python等画图的一个参考吧,重在打开思路,请大家忽略这巨丑的图片。配色啥的请参考发表的文章。要想画一幅好图,还是需要花功夫的。
听说隔壁的TBtools(https://github.com/CJ-Chen/TBtools)也能画。
参考:
https://github.com/pinbo/MapDrawJZ
刘仁虎,孟金陵 (2003) MapDraw,在Excel中绘制遗传连锁图的宏。遗传, 25(3): 317-321