大报恩寺是明成祖朱棣为纪念明太祖朱元璋和马皇后而建，明永乐十年（1412年）于建初寺原址重建，历时达19年，耗费248.5万两白银，十万军役、民夫。大报恩寺施工极其考究，完全按照皇宫的标准来营建，与灵谷寺、天界寺并称为金陵三大寺，是中国历史上规模最大、规格最高的寺院，为百寺之首。
大报恩寺山门朝西，建筑布局总体上可分为南、北两大部分，两者之间以院墙相隔。大报恩寺重要的宗教性建筑皆分布于北区，排列极为有序。沿着中轴线依次设置山门（金刚殿）—香水河桥—天王殿—大殿—琉璃塔—观音殿—法堂等核心建筑；在中轴线两侧还根据需要设置了御碑亭、钟楼、祖师殿、伽蓝殿等建筑，为寺院配套的附属建筑皆位于南区。
南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”，杜牧这两句诗中“四百八十寺”的起源就是大报恩寺，大报恩寺的历史从孙吴孙开始，历经各朝，有过长干寺、天禧寺等名字，大报恩寺塔的前身则是阿育王塔。
经历时间的打磨，历遭战争炮火的破坏，到今天，这座曾经金碧辉煌，昼夜通明的寺院，多处留下建筑的残砖、干涸的古井、裸露的黄土、坚实的石础，透过它们，见证了大报恩寺的风雨兼程。
香水河桥和香水河道
香水河桥为石拱桥，石桥七层，砌筑于石板桥底，香水河桥之下即是香水河河道。河道横贯南北，河道的两岸与底部皆用长方形青条石铺砌
在香水河桥和天王殿之间，沿着中轴线，挖掘中发现长方形青石板铺砌的主干道
天王殿
天王殿呈五开间、三进深的大型建筑，整体呈“双凸字形”。它座落于夯土台基之上
大殿
大报恩寺大殿俗称硕妃殿，其中供奉有硕妃的碑位，每年由礼部按时祭祀，除此之外终年封闭，不许人进入。现殿内发现两排6个大型石柱础。
观音殿
为三开间三进深的高台式建筑。
七、法堂
为一三进深的建筑。
九、地宫
塔内地宫中藏有“感应舍利”十颗，并“佛顶真骨”，内用金棺，周以银椁，并七宝造成阿育王塔，以铁函安置。
2008年8月7日，南京大报恩寺铁函中发现的阿育王塔，震惊世界。2008年11月22日下午，鎏金七宝阿育王塔在瘗藏千年之后，从铁函内被“请出”，“塔王”重现世间。地宫展示的石函、铁函、七宝阿育王塔、金棺银椁、佛顶骨感应舍利是千年的世界级国宝。
十、琉璃宝塔
琉璃塔建造于永乐十年（1412年），是明成祖朱棣为纪念其生母贡妃而建.明成祖朱棣给琉璃塔御赐了“第一塔”的塔名。
琉璃塔雄踞寺北，八角九级，9层内外共设篝灯146盏。琉璃宝塔外壁为巨型白瓷胎五色琉璃件，每块重千斤。“塔上下金刚佛像千百亿金身。明代文豪王世贞惊叹其“雄丽冠於浮图，金轮耸出云表，与日竞丽”。西方传教士称其为“中华之大图腾”。称之为中世纪“世界七大奇幻之一。
由于制作复杂，据史书记载，建造此塔烧制的琉璃瓦、琉璃构件和白瓷砖，一式三份，建塔用一份，其余两份编号埋入地下，以备有缺损时，上报工部，照号配件修补。
今天的大报恩寺赋予了另一层意义，培育“报恩文化”，倡导知恩报恩的社会风尚，形成“知恩、感恩、思恩、报恩”的良好氛围，留给每个人的不仅是对已逝的宏构和盛景展开的想象，而且与时俱进，“知恩、感恩、思恩、报恩”，和谐人生，幸福人生。
