益生菌是模拟母乳喂养婴儿肠道正常菌群而应运而生的产品，包括双歧杆菌和乳酸杆菌。从健康母乳喂养儿粪便中提出的益生菌种子经过工业孵化有可能会出现变异，所以每种工业化生产的益生菌又冠有一些称呼，比如乳双歧杆菌BB12，鼠李糖乳酸杆菌LGG等。益生菌制剂中应该含有活菌。
不是模拟母乳喂养婴儿肠道正常菌群而生产的细菌或霉菌制剂，也会对肠道健康有一定帮助，但是作用相对局限，比如有些针对抗生素使用后，只能称为微生态制剂。微生态制剂与益生菌制剂有所不同，益生菌制剂不仅利于肠道吸收消化，而且会通过刺激肠道内免疫细胞，刺激全身免疫。
由于肠道黏膜上存有免疫细胞，这些细胞的激活物是肠道内的正常细菌，包括双歧杆菌、乳酸杆菌等。所以，真正的益生菌在调整肠道功能的前提下，会通过刺激肠道免疫细胞，调节全身免疫。这也是为何新生儿第一口应是母乳喂养的原因。因母乳喂养是有菌过程，利于肠道正常菌群的建立。
腹泻恢复期，大便不可能立即恢复正常，往往不太消化的大便会持续几天。为此，益生菌能发挥很好的作用。益生菌通过调整肠道菌群，不仅可以保护肠道黏膜，还可排除肠道内的有害菌，再可助于营养物的消化和吸收。所以，建议腹泻后继续服用益生菌1～2周。
人体肠道中存在三种菌：中性菌（以大肠杆菌为代表）约占60%，有益菌（双歧杆菌、乳杆菌）约占30%，有害菌（威尔斯菌、棱状芽孢杆菌）约占10%。这三类菌属于一个动态的平衡，当体内有益菌与有害菌的竞争占据上位时，中性菌保持中立，不过当有害菌占据上风时，中性菌一般选择助纣为虐，乘机影响人体健康。
益生菌和益生菌制剂的区别
“益生菌”指的是能够通过调节肠道菌群改善人类健康的活菌，也可定义为对人体只有益而无害的活菌。
“益生菌制剂”指的是含有益生菌的产品，其中含有添加剂等。所以，评价益生菌制剂是否可以长期服用，除了考虑益生菌本身，还要考虑添加剂等其他成分。目前没有一种益生菌制剂上标明可长期服用。
益生菌和酸奶
母乳喂养的6个半月婴儿排便费力，大便干结。家长给孩子喂了酸奶，目的是服用益生菌。家长认为酸奶为食品，至少比药物安全。结果两次喂养后，婴儿开始哭闹、腹泻、大便带血丝、湿疹加重——典型的牛奶蛋白过敏现象。婴儿一岁内不应接受鲜奶及制品。酸奶也是鲜奶制品。
