一，准备文件：
1.hmp
rs# alleles chrom pos strand assembly# center protLSID assayLSID panel QCcode 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
rs2 A/C 105 1 + NA NA NA NA NA NA CC NN CC CC CC CC CC CC NN CC CC CC CC CC CC CC
rs3 C/T 105 2 + NA NA NA NA NA NA CC NN CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
rs4 A/C 105 3 + NA NA NA NA NA NA CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
rs5 C/G 105 4 + NA NA NA NA NA NA CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC CC
12列后接样本
2.表型形状
<Trait> sex
1 0
2 1
3 1
4 0
5 0
6 0
7 1
8 0
9 0
第一列是样本编号，第二列开始接表型形状
二，启动tassel
图片.png
三，导入数据
hmp文件
图片.png
图片.png
图片.png
导入性状数据
图片.png
图片.png
转化成tassel可以识别的格式
图片.png
图片.png
四，关联分析
GLM模型
选择hmp文件和转化后的性状文件合并，生成表格。
图片.png
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选择合并后的表
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结果文件
图片.png
MLM模型
先生成K-ship表
图片.png
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选择两个表进行分析
图片.png
结果文件
图片.png
四，结果文件后处理
截取第一二七列，对第七列p求-log(p)。
结果如下
图片.png
