之前一直有很多人认为自闭症是一个心理问题——换句话说，成长经历才是致病的罪魁祸首。
但是经过科学家的各种努力证明：
自闭症的儿童本身的免疫异常，以及自闭症儿童及其直系亲属中存在的与自身免疫性疾病相关的多种基因变异。其中，母亲的基因变异至关重要。母亲的自身免疫性疾病是更深层免疫调节异常的一种表现形式，而免疫调节异常增加了母体免疫系统对发育中的胎儿进行攻击的概率。这种“友军炮火”才是导致自闭症的真凶。
事实上，自闭症儿童的母亲携带的特异性抗体，这种抗体会对未出生的胎儿神经系统中的蛋白质发起针对性的攻击。
我们的大脑有自己的常驻的免疫细胞，称为小胶质细胞和星形胶质细胞。它们环抱着更大的神经元，起着维和人员的作用，并保持它们良好的形状。在自闭症患者的大脑中，这些辅助细胞在长期激活状态下体型明显增大。这是一种发炎的大脑。
研究证明，如果母亲在妊娠早期感染流感，会使孩子患精神分裂症的风险增加7倍。而且产前感染会导致自闭症。
消灭炎症可以保护胎儿，但是胎儿需要抗炎和促炎两种信号来促进发育。母亲孕期的免疫平衡十分关键。
研究发现，退化性自闭症似乎与肠道问题的联系最为紧密。很多家长和儿科医生都注意到自闭症儿童有肠道问题。自闭症患者的肠道出现了功能障碍。
一个异常的微生物群落——包含错误的物种、过度的简化或者比例失调的社群——可以影响大脑的走向，从而可能会导致自闭症。
