安装和加载R包
镜像设置
为了加快包的下载速度，需要设置镜像。
#编辑文件
file.edit('~/.Rprofile')
#添加镜像
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
安装和加载
#存在于CRAN的包
install.packages(" ")
library( )
#存在于Biocductor中的包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ropls")
其他方法
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可以从R官网上直接下载需要的包。
image.png
-
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从R安装。
image.png
-
dplyr五个基础函数
mutate(),新增列
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
image.png
image.png
select(),按列筛选
按列号筛选
select(test,1)
image.png
按列名筛选
select(test, Petal.Length, Petal.Width)
image.png
filter()筛选行
filter(test, Species == "setosa")
image.png
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )
image.png
arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序
arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序
arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小
image.png
summarise()：汇总
# 先按照Species分组，计算每组Sepal.Length的平均值和标准差
group_by(test, Species)
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))```
