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DNA甲基化作为研究的最为广泛的一种表观遗传标记，其对基因表达的影响是研究的基本内容。随着lncRNA研究的发展，科学家将眼光放到了位于lncRNA基因上的DNA甲基化位点，通过lncRNA基因上的甲基化位点来找到疾病相关的lncRNA, 并探究lncRNA在疾病中的作用。
有学者收集类似的文献，并整理成了数据库Ln2Meth, 网址如下
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Lnc2Meth/index.jsp
该数据库提供了以下两种检索方式
Disease-Centric
-
Transcript-Centric
可以根据疾病或者lncRNA的名字进行检索，结果示意如下
对于甲基化位点，给出了在患者中的表达模式，包括以下几种
differential methylation
hypermethylation
hypomethylation
methylation
-
demethylation
对于DNA甲基化位点与lncRNA之间的关系，提出了以下3种模型
1. Cis-Methylated LncRNA(CML)
2. Trans-Methylation Due to LncRNAs(TMDL)
3. Trans-Methylation Regulated LncRNA(TMRL)
通过DMBrowser功能， 可以在基因组浏览器中查看lncRNA上的甲基化位点，示意如下
这个网站还提供了两个工具
1. Probe Re-annotation
对illumina 450K芯片的探针进行了重新注释，结果示意如下
给出了探针对应的lncRNA基因，并将探针对应的区域划分成成以下5种类型
TSS1500
TSS200
1_exon
5’UTR
-
3’UTR
示意图如下
2. Differentail Methylation Patterns Identification
输入450k芯片的表达谱数据， 样本分组，感兴趣的lncRNA基因，该工具会进行差异分析，最终给出lncRNA对应的探针水平的差异分析结果，示意如下
与该在线工具对应的，还提供了一个R包LncDM, 实现了相同的功能, 具体的用法可以查看该包的帮助文档。
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