CCLE查询基因在细胞系中表达

最近实在太忙了,好久没有更新我们的简书了,今天抽空无论如何也要更新。

示例:查询PDCD1在各个泛癌细胞系中表达情况。

首先我们打开我们的CCLE数据库上网页,网址走起,如果打开速度慢,请耐心等待https://portals.broadinstitute.org/ccle/

在检索栏中搜索我们要检索的基因,这里我们搜索“PDCD1”,点击“search”进行检索。

下图即是PDCD1在泛癌细胞系表达情况,我们可以点击右上侧的照相机按钮进行保存。但是这个表达量是个相对表达量,有时候出现CCLE和自己实验数据不吻合,这个时候还是要依据自己的实验数据,CCLE只是提供了一个参考。


点击页面下“Download  mRNA expression ”则可以下载表达谱。下载的表达谱是.txt,我们可以利用excel对该文档打开。如果想研究某肿瘤的细胞系该基因表达情况,你可以在表达谱搜索该肿瘤,会对应好几个细胞系,高亮一下,你所要研究的肿瘤细胞系就一目了然了。



总体来说,现在数据库千千万,是我们研究过程中辅助工具,我们可以借鉴它,但是它未必一定正确的,需要我们好好利用分析。

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