linux环境下装程序和脚本
安装
- 下载程序 wget 链接地址（鼠标右键点击putty粘贴已经复制的东西，左键选中后点击选中的区域复制选中的区域）
- bzip2的安装 yum -install -y bzip2
- miniconda 的安装。这其实是个脚本，不需要安装直接运行的软件。
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
这个。sh就是wget下载的文件
一路yes和enter就OK了 -
Snipaste_2018-08-22_19-05-22.png
记得激活。虽然激活了。但是没有什么提示反应。应该是只要执行了就没反应，如果错了就会报错吧。linux的逻辑也真是让人不明觉厉啊曹丹 - 查看当前所有软件列表 conda list
- 搜索软件 conda search fastqc 如果想安装其他什么软件是不是就search相应的东西呢？嘿嘿。我有一个大胆的想法
- 安装软件 conda install fastqc -y
- 卸载软件 conda remove fastqc -y
建立环境
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conda info --envs 前面带*的就是现在的这个环境
image.png - 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）这个地方的几个命令是什么意思呢？不明白也没查到。就查到了python、fastqc、trimmomatic分别是三个软件。什么关系呢？
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
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source activate rna-seq 激活环境，*的位置换到了那个虚拟环境
image.png - 删除环境 conda remove -n rna-seq fastqc -y
