写在前面
天气开始暖和了☀️，发现旅游的人好多啊！~🥲
不知道自己什么时候能有时间出去看看外面的世界，实在是太忙了。😷
最近用到的有个包感觉很不错，分享给大家，funkyheatmap包。😘
完美可视化数据，包括字符型和数值型。🤩
这个包是出自Nature Biotechnology中，文章在这里：👇
Saelens, W., Cannoodt, R., Todorov, H. et al. A comparison of single-cell trajectory inference methods. Nat Biotechnol 37, 547–554 (2019). https://doi.org/10.1038/s41587-019-0071-9 IF: 68.164 Q1
颜值还是蛮高的，大家学起来啊，可以用来可视化临床信息的baseline、基因的基本信息等等。🥰
用到的包
rm(list = ls())
library(tidyverse)
library(funkyheatmap)
示例数据
今天用到的是diamonds数据，非常经典的dataset。😙
dat1 <- diamonds %>%
rownames_to_column(., "id") %>%
head(20)
DT::datatable(dat1)
简单可视化
大家直接使用funky_heatmap即可，是不是颜值还不错。😜
funky_heatmap(dat1,
column_info = NULL,
row_info = NULL,
column_groups = NULL,
row_groups = NULL,
palettes = NULL,
scale_column = T,
add_abc = T,
col_annot_offset = 3,
col_annot_angle = 35,
removed_entries = NULL,
expand = c(xmin = 0, xmax = 2, ymin = 0, ymax = 0)
)
复杂绘图
我们再复现一下这篇Nature Biotechnology上的图吧，需要用到kableExtra包内的数据。🤩
5.1 加载数据
library(kableExtra)
data("dynbenchmark_data")
5.2 查看数据
看一下数据类型吧。😘
dat2 <- dynbenchmark_data$data
dat2[,1:12]
5.3 提取列名
数据太大，我们先只提取其中几列进行可视化吧。😷
preview_cols <- c(
"id",
"method_source",
"method_platform",
"benchmark_overall_norm_correlation",
"benchmark_overall_norm_featureimp_wcor",
"benchmark_overall_norm_F1_branches",
"benchmark_overall_norm_him",
"benchmark_overall_overall"
)
dat2[,preview_cols]
5.4 初步绘图
funky_heatmap(dat2[,preview_cols])
5.5 列信息
提取一下列信息，后面会用到。🤒
column_info <- dynbenchmark_data$column_info
column_info
5.6 再次可视化
把data都输入进去吧，再画一下图看看，颜值高多啦。😂
funky_heatmap(dat2, column_info = column_info)
5.7 列的分组信息
column_groups <- dynbenchmark_data$column_groups
column_groups
5.8 行信息
row_info <- dynbenchmark_data$row_info
row_info
5.9 行的分组信息
row_groups <- dynbenchmark_data$row_groups
row_groups
5.10 分组配色
我们给不同分组配上不同的配色。🤩
palettes <- dynbenchmark_data$palettes
print(palettes)
5.11 最终可视化
Perfect！~⭐️
颜值很高，大家都冲啊！~🥳
funky_heatmap(
data = dat2,
column_info = column_info,
column_groups = column_groups,
row_info = row_info,
row_groups = row_groups,
palettes = palettes,
col_annot_offset = 3.2
)
<center>最后祝大家早日不卷!~</center>
点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰
<center> <b>📍 往期精彩 <b> </center>
📍 <font size=1>🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！~</font>
📍 <font size=1>🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！</font>
📍 <font size=1>🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！？</font>
📍 <font size=1>🤨 Google | 谷歌翻译崩了我们怎么办！？（附完美解决方案）</font>
📍 <font size=1>🤩 scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程</font>
📍 <font size=1>🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~</font>
📍 <font size=1>🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！~</font>
📍 <font size=1>🧐 rms | 批量完成你的线性回归</font>
📍 <font size=1>🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图</font>
📍 <font size=1>🤠 Network | 高颜值动态网络可视化工具</font>
📍 <font size=1>🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图</font>
📍 <font size=1>🤫 linkET | 完美解决ggcor安装失败方案（附教程）</font>
📍 <font size=1>......</font>
本文由mdnice多平台发布
