写在前面
TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能,其中最为独特的 莫过于 Gene Structure View (Advanced)
几乎覆盖了基因motifs,exon-intron结构,保守结构域的所有可视化需求。
但是,在实际数据分析过程中,往往还可能存在另外的问题。
左图为Motifs,右图为保守结构域,那么问题来了。
哪些 motifs 对应哪些结构域*?
Emmm... 我相信,这是一个不少人感兴趣的问题,但是,如何更好地去查看两者的Overlap,却似乎市面上没有可用工具。
但,事实上,JIGplot 使得用户完全可以实现这一功能。
得到上述图片
如实,还是原来的文件:
- 进化树文本
- motifs信息
- 重命名信息,可选项
- 结构域信息,了解 TBtools 的,应该清楚 Simple Biosequence View 的输入文件格式
为了更方便演示,去除 Fill in Gradient Mode
调整 Motifs Panel
于是看到元件信息
将高度 Height 调整为原来的一半,
增加当前 Height 的一半值到 StartY,【注:即下移高度的一半】
于是得到
调整 Domain Panel
类似的操作,不过最后一步上移高度的一半
移动 Domain Panel
Emmm...键盘摁住Ctrl,鼠标拖拽,保证平移【注:也可以直接通过Edit Panel,设置两个Panel有相同的 StartX,从而合并】
于是,合并完成
进一步微调,可得到
这张图,感觉还是不错,起码说明了一些问题:
- Motifs 就是 Motifs,并不全是 Domains 的部分,反之亦然
- Domain,保守结构域 ,本身就是保守,所以必然是覆盖了一些Motifs或者Motifs的部分
- Domain 预测不到,或者 Domain 不完整,不代表不存在,可能只是算法敏感度的问题【注:这也是为什么基于结构域的挖掘,常常会漏掉一些成员】
- 即使没有专门的 Domains,成员也可能有保守的 Motifs,而这些 Motifs,本身或许是未知 Domains。
总的来说,筛选成员,要全面且准确,多个信息综合看必不可少。
写在最后
工具,总归还是要知道其用法的人才能用得顺畅。
简而言之,