cd c++
./configure --with-mt --prefix=/public/home/zhenboying/biosoft/RMBlast/rmblast --without-debug
后来发现官网貌似有编译完成的版本，远离编译长命百岁啊，所以我决定去配置一下
官网http://www.repeatmasker.org/RMDownload.html
Prerequisites
- perl 版本perl 5.8.0 or higher installed 。
perl -v
我的是perl, v5.10.1满足要求。
重新做：
- 因为rmblast编译一直报错，所以决定找找bindary 结果在ncbi官网找到了
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/rmblast/2.2.28/ncbi-rmblastn-2.2.28-x64-linux.tar.gz
解压后添加环境变量直接使用。但是如果要让RepeatModeler 调用，需要在文件夹中添加另外两个程序：blastx和makeblastdb。系统中之前有装过，我直接拷过来了。 - 然后下载trf单独存在一个文件夹里面
3.下载perl编译的版本https://github.com/rmhubley/RepeatMasker。 我的c编译器一直有问题 ，经常报错，所以一般下载编译好的或者其他编译器做的。下载后解压
下载Dfam.hmm数据库:
cd RepeatMasker-master
cd Libraries
wget http://dfam.drg/help/tools/Dfam.hmm
tar -xvf Dfam.hmm.tar
ok!!!!
cd RepeatMasker-master
perl ./configure
按照要求输入之前安装的东西的相应路径
image.png
至于调用哪个程序好一点我再查查。。。。。
