MEGA7软件下载及安装
image.png
支持建树类型
image.png
数据准备
TIR.fasta
>sp|Q9BXR5|HUMAN_TLR10_TIR
CLHFDLPWYLRMLGQCTQTWHRVRKTTQEQLKRNVRFHAFISYSEHDSLWVKNELIPNLE
KEDGSILICLYESYFDPGKSISENIVSFIEKSYKSIFVLSPNFVQNEWCHYEFYFAHHNL
FHENSDHIILILLEPIPFYCIPTRYHKLKALLEKKAYLEWPKDRRKCGLFWANLRAAINV
NVLATREMYELQTFTELNEESRGSTISLMRTDCL
>sp|Q9NR96|HUMAN_TLR9_TIR
GWDLWYCFHLCLAWLPWRGRQSGRDEDALPYDAFVVFDKTQSAVADWVYNELRGQLEECR
GRWALRLCLEERDWLPGKTLFENLWASVYGSRKTLFVLAHTDRVSGLLRASFLLAQQRLL
EDRKDVVVLVILSPDGRRSRYVRLRQRLCRQSVLLWPHQPSGQRSFWAQLGMALTRDNHH
FYNRNFCQGPTAE
>sp|Q9NR97|HUMAN_TLR8_TIR
HHLFYWDVWFIYNVCLAKVKGYRSLSTSQTFYDAYISYDTKDASVTDWVINELRYHLEES
RDKNVLLCLEERDWDPGLAIIDNLMQSINQSKKTVFVLTKKYAKSWNFKTAFYLALQRLM
DENMDVIIFILLEPVLQHSQYLRLRQRICKSSILQWPDNPKAEGLFWQTLRNVVLTENDS
RYNNMYVDSIKQY
>sp|Q9NYK1|HUMAN_TLR7_TIR
HLYFWDVWYIYHFCKAKIKGYQRLISPDCCYDAFIVYDTKDPAVTEWVLAELVAKLEDPR
EKHFNLCLEERDWLPGQPVLENLSQSIQLSKKTVFVMTDKYAKTENFKIAFYLSHQRLMD
EKVDVIILIFLEKPFQKSKFLQLRKRLCGSSVLEWPTNPQAHPYFWQCLKNALATDNHVA
YSQVFKETV
>sp|Q9Y2C9|HUMAN_TLR6_TIR
YLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSEHDSAWVKSELVPYLEKE
DIQICLHERNFVPGKSIVENIINCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFHEG
SNNLILILLEPIPQNSIPNKYHKLKALMTQRTYLQWPKEKSKRGLFWANIRAAFNMKLTL
VTENNDVKS
>sp|O60602|HUMAN_TLR5_TIR
TKFRGFCFICYKTAQRLVFKDHPQGTEPDMYKYDAYLCFSSKDFTWVQNALLKHLDTQYS
DQNRFNLCFEERDFVPGENRIANIQDAIWNSRKIVCLVSRHFLRDGWCLEAFSYAQGRCL
SDLNSALIMVVVGSLSQYQLMKHQSIRGFVQKQQYLRWPEDFQDVGWFLHKLSQQILKKE
KEKKKDNNIPLQTVATIS
>sp|O00206|HUMAN_TLR4_TIR
KFYFHLMLLAGCIKYGRGENIYDAFVIYSSQDEDWVRNELVKNLEEGVPPFQLCLHYRDF
IPGVAIAANIIHEGFHKSRKVIVVVSQHFIQSRWCIFEYEIAQTWQFLSSRAGIIFIVLQ
KVEKTLLRQQVELYRLLSRNTYLEWEDSVLGRHIFWRRLRKALLDGKSWNPEGTVGTGCN
WQEATSI
>sp|O15455|HUMAN_TLR3_TIR
EGWRISFYWNVSVHRVLGFKEIDRQTEQFEYAAYIIHAYKDKDWVWEHFSSMEKEDQSLK
FCLEERDFEAGVFELEAIVNSIKRSRKIIFVITHHLLKDPLCKRFKVHHAVQQAIEQNLD
SIILVFLEEIPDYKLNHALCLRRGMFKSHCILNWPVQKERIGAFRHKLQVALGSKNSVH
>sp|O60603|HUMAN_TLR2_TIR
HRFHGLWYMKMMWAWLQAKRKPRKAPSRNICYDAFVSYSERDAYWVENLMVQELENFNPP
FKLCLHKRDFIPGKWIIDNIIDSIEKSHKTVFVLSENFVKSEWCKYELDFSHFRLFDENN
DAAILILLEPIEKKAIPQRFCKLRKIMNTKTYLEWPMDEAQREGFWVNLRAAIKS
>sp|Q15399|HUMAN_TLR1_TIR
SYLDLPWYLRMVCQWTQTRRRARNIPLEELQRNLQFHAFISYSGHDSFWVKNELLPNLEK
EGMQICLHERNFVPGKSIVENIITCIEKSYKSIFVLSPNFVQSEWCHYELYFAHHNLFHE
GSNSLILILLEPIPQYSIPSSYHKLKSLMARRTYLEWPKEKSKRGLFWANLRAAINIKLT
EQAKK
导入文件
选择Align
image.png
导入成功
image.png
选择比对方法
Alignment > Align by ClustalW > OK > 默认参数
image.png
比对完成
image.png
保存比对结果
File > Export Aligment > MEGA Format > Input tile of the data > 输入 TIR 名称
将保存后的TIR.mega文件导入
TIR.mega双击，弹出MEGA窗口
显示TA按钮
image.png
显示序列
image.png
按C，显示保守区，标黄色
image.png
按V显示非保守区，有必要，可以剔除序列
image.png
按分页按钮，对样品序列名称，重命名为简称，进行分组。
image.png
image.png
选择最近邻居法
image.png
确认使用当前数据，
检验方法，默认为空，设为步长检验法；
遗传距离时使用的计算模型，设置 p-distance
如果是以序列间不同残基的个数来度量遗传距离的话，这里需要选择 Complete deletion（全部删除）。
如果是其他方法，比如这里选用的 NJ 方法，可以选择 Partial deletion（部分删除）。删除程度定在 50%，即，保留一半含有空位的列。
image.png
建树生成
原始树
image.png
步长检验后的树
image.png
设置树的形状
image.png
