今天开始进入R语言的学习，千里之行始于足下，继续坚持吧！

R和R studio的安装

因为之前已经安装了R语言和R studio，而且特别幸运的是，自己的用户名是英文，看了教程发现自己在无意之中避开了很大的一个坑。但是打开的时候发现自己用的R studio也已经很久没有更新了，简单记录一下更新方法：

在Help界面中选择Check for Updates，进入网站

在网站中选择对应版本进行下载

认识R语言和R studio

• R语言
  R语言是在20世纪90年代初开发的一门语言，前身是S语言。它很大的一个特点是开源、免费。而由于其在数据分析、统计、可视化等领域的强大功能在生物信息领域被广泛应用。
• R studio
  R语言的界面比较简陋粗糙，如果在Windows和Mac下使用的话，为了得到更好的体验，我们可以应用集成开发环境（IDE）方便我们进行文本的编辑。简单地进行理解的话，可以将IDE理解为一种文本编辑器加上一个图形用户界面。
  R studio只能用于R开发，不能用于其他语言的编写，但对于R语言来讲基本够用且容易上手，适用于希望快速上手、主要写R代码的一类人。同时，它还具有远程执行的功能，也就是说我们可以在功能强大的服务器上运行R。

R studio界面

我们可以看到其界面一共分为四个部分：

• 左上角：脚本编辑器，也就是我们输入命令的地方
• 左下角：控制台，我们除了可以看到我们输入的脚本，还可以看到运行的过程和结果
• 右上角：包括环境（对象、变量）、历史命令等
• 右下角：文件、图片、包、帮助等，在下面的两个例子中展现了画图的结果和有关rnorm函数的帮助页面：
  
  R studio界面

rnorm的帮助页面

R studio中的字体设置

在R studio的Tools当中选择Global Options进入对话框，在Apperance当中可以设置字体、字号等：

R Studio的字体设置

R语言基础操作

• 工作目录设定
  正常情况下我们可以使用getwd()和setwd()命令检查当前工作目录和更改工作目录：

> getwd() #查看当前工作目录
[1] "/Users/maxxie"
> setwd('/Users/maxxie/Desktop/Day4') #更改工作目录
> getwd() #查看工作目录是否更改成功
[1] "/Users/maxxie/Desktop/Day4"

• R Project
  如果我们要同时并行多个工作项目，或者说工作目录，我们可以利用R Project进行更加方便的管理：
  

  在左上角选择创建Project，选择新建或利用已有的目录创建Project
  
  
  选择New Project
  
  
  填写新建Project的名称与路径
  
  
  新Project已建立成功，可以直接打开R Studio

• 显示文件列表
  在我们更改了工作的目录后，如何进一步查看目录中的文件呢？类似于Linux中的ls命令，我们可以在R中使用dir()和list.files()显示文件列表：

> getwd()
[1] "/Users/maxxie"
> setwd('/Users/maxxie/Desktop/Day 4')
> getwd()
[1] "/Users/maxxie/Desktop/Day 4"
> dir() #空目录中无文件
character(0)
> list.files() #空目录中无文件
character(0)
> list.files() #目录中加入一个文件后有所显示
[1] "GSE77883_series_matrix.txt"

• 基本数学运算
  我们可以将R语言当成科学计算器进行加减乘数等运算，具体的代码如下：

[1] 2
> 2-1
[1] 1
> 2*2
[1] 4
> 4/2
[1] 2
> 2^2
[1] 4
> sqrt(4)
[1] 2
> abs(-2)
[1] 2
> log2(8)
[1] 3
> log10(100)
[1] 2

• 赋值
  赋值的符号为<-（一个小于号加上一个横线）或=（一个等号），如x<-1，其中左边的x叫做变量名，而右边的1为这个变量的值（可以为整数、浮点数、字符串等数据格式）。而如果是两个等号==，则用于判断两个变量是否一致。

> x<-1
> x
[1] 1
> y<-1+2
> y
[1] 3
> z<-x+y
> z
[1] 4
> a=2
> b=3
> a
[1] 2
> b
[1] 3
> a==b
[1] FALSE
> b=2
> b=2
> a==b
[1] TRUE

• 删除变量
  在刚刚我们创建了x,y,z,a,b这5个变量，而我们也可以用rm()命令删去这些变量，我们可以看到，在删除了x,y,z这三个变量后，R Studio的右上角环境中还剩下a,b这两个变量：

> rm(x)
> rm(y,z)

环境中变量的展示

删除全部变量后的结果

• 历史命令
  如果想要看到我们刚刚做了什么，我们可以使用history()命令，我们可以在右上角的History界面中看到刚刚给出的命令。同样地，我们也可以直接右键点击History来查看历史命令。
  在History命令中双击某个命令，这个命令便会再次出现在左下角的控制台，方便我们再次使用同样的命令。
  

  查看历史命令

• 清空控制台
  快捷键Ctrl+L可以快速清空控制台，给我们一个更加整洁的操作界面。
  

  清空控制台