featuresCounts
软件用于定量，不仅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量。
featureCounts 需要两个输入文件：
1）reads的比对情况，这种信息通常都用BAM/ SAM文件来存储
2）区间注释文件，支持两种格式
安装
conda install subread
运行
featureCounts -p -a 00ref/Araport11_GFF3_genes_transposons.201606.gtf \ #注释文件
-o our_counts.txt \ #输出文件
-T 6 -t exon \
-g gene_id sample*_Aligned.sortedByCoord.out.bam #对这部分文件进行定量
运行结果：产生两个文件out counts . txt和out_ counts.txt.summary
featureCounts运行
查看out counts . txt文件，里面包含有geneid，染色体位置，基因起始结束的位置以及基因的count数
out counts . txt
表达定量结果转换为表达矩阵
#构建矩阵
rsem-generate-data-matrix *.genes.results > output. matrix
矩阵输出结果
#删除未检测到表达的基因（剔除表达量为0的基因）
awk 'BEGIN{printf"geneid\ta1\ta2\tb1\tb2\n"}{if($2+$3+$4+$5>0)print $0}'
out.matrix > deseq2_input.tx
结果：查看文件的行数，删除未检测到表达基因的行数
###查看文件的行数
wc -l output.matrix
wc -l deseq2_input.txt
