单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够系统地识别组织中的细胞群，但表征它们的空间组织仍然具有挑战性。我们结合了一种基于微阵列的空间转录组方法，该方法使用一组斑点来揭示基因表达的空间模式，每个斑点捕获多个相邻细胞的转录组，与从同一样本生成的scRNA-Seq。为了精确地标注不同组织区域的细胞组成，我们介绍了一种多模态相交分析方法。将多模态交叉分析应用于原发性胰腺肿瘤，我们发现导管细胞、巨噬细胞、树突状细胞和癌细胞亚群的浓缩受到空间限制，以及与其他细胞类型的明显共浓缩。此外，我们还鉴定了表达应激反应基因模块的炎性成纤维细胞和癌细胞的共定位。我们绘制scrna -seq定义的亚种群结构的方法可以应用于揭示复杂组织内在的相互作用。
