要点一：文件读写
文件读写主要使用open函数，如下图使用方法分为三个部分：
文件读入
1、文件句柄
- 可以理解呈摆渡船，读取文件数据，再转移给脚本中的变量。
- 自己命名，一般大写字母；如图例中的
IN,OU - perl常用默认文件句柄
STDIN,STDOUT,STDERR分别表示屏幕标准输入、输出、报错。
ARGV表示命令行参数；比如ARGV[0]表示命令行第一个参数；ARGV[1]表示命令行第二个参数.......
值得注意的是，因为是逐行"摆渡"的，所以
IN第几次在脚本中出现就表示文件中的第几行出现。如果不想使用第一行数据，赋值给空变量即可。见本文最后的例子。
2、读or写
类比Linux重定向；
-
<表示读入文件 -
>表示写入文件 -
>>表示追加写入文件 -
<>砖石操作符，一般为将句柄赋值给变量的标准格式
$first=<IN>;#如果砖石操作符为空，就表示屏幕输入中（键盘敲）读取，如下面这个加法计算小例子。
#!/usr/bin/perl -w
print "Please enter the first number\n";
chomp ($a=<>);
print "Please enter the second number\n";
chomp ($b=<>);
$c=$a+$b;
print "$a + $b =$c\n";
3、文件名
为待读取的文件或者准备写入的新文件名，一般配合ARGV从参数中读取。
常用的标准模式为
open IN,"<$ARGV[0]"; #第一个参数设置读入的文件
open OU,">$ARGV[1]"; #第二个参数设置写入的文件
4、优雅的补充 or die
考虑到有时文件无法打开的现象，可以在结尾补充说明性的报错信息
open IN,"<$ARGV[0]" or die "can not open the file\n$!"；
-
$!为特殊变量，表示报错信息。
此外还有两个特殊变量，这里一并介绍。一个是
$/表示分隔符，默认分隔符为$/="\n"（换行符），可以根据情况作出修改，比如$/=">"就将分隔符修改为大于号，在fasta序列处理中常用；一个是$_一般为未指明变量时的默认变量，例子见下例。
5、遍历文件行
- 将结果输出到屏幕
open IN,"<$ARGV[0]";
while (<IN>) { #while判断依据：是否为空字符串
chomp; #去掉换行符；当为默认变量$_时可省略
print "$_/n"; #输出结果到屏幕
}
close IN; #关闭句柄
- 将结果输出到指定文件
open IN,"<$ARGV[0]";
open OU,">$ARGV[1]";
while (<IN>) {
chomp;
print OU "$_/n"; #输出结果不会输出到屏幕，而是指定输出文件中
}
close IN; #关闭句柄
close OU;
要点二：实战小例子 fastq→fasta
首先要理解两种文件的区别---
（1）fastq有四行，第一行开头为@;
（2）fasta只有两行，第一行开头为>。
因此要将fastq的三四两行删去，同时将第一行的@更换为>。
#!/usr/bin/perl -w
open IN,"<$ARGV[0]"; #为读入的fastq文件
# open IN,"zcat $ARGV[0] |" #若为压缩文件fq.gz的读入方法
open OU,">$ARGV[1]"; #为写出的fasta文件
while ($id=<IN>) {
chomp ($id); #要加入括号，因为变量不是默认变量，不可省略
$id=~ tr /@/>/ ; #将@替换为>
chomp ($seq=<IN>);
<IN>; #第三行不管，赋值给空变量
<IN>; #第四行不管，赋值给空变量
print OU "$id\n";
print OU "$seq\n";
}
close IN; #关闭句柄
close OU;
head test.1.fq
test.1.fq
perl -c 1.pl
perl 1.pl test.1.fq my.fa
head my.fa
my.fa
