首先,一般我们分析水稻的数据时候,选用的是MSU和RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件,这里只介绍MSU的ID,RAPDB的同理。
水稻GO分析的网站很多(这里不涉及R包,只说一些典型的在线的)
1 AGRIGO2 http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/ 支持多种ID,包括MSU
2 RIGW http://rice.hzau.edu.cn/cgi-bin/rice2/enrichment 只支持水稻的转录本ID,可做KEGG,个人觉得结果还可以
3 PlantGSEA http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/analysis.php 只支持MSU ID
4 PANTHER http://www.pantherdb.org/ 可视化比较漂亮的,也是本文所涉及的
5 CARMO:http://bioinfo.sibs.ac.cn/carmo/result.php?job_id=1625924324108758969
只更新到 2015年,支持 LOC ID
1、我们通过差异分析,得到一串像这样的基因
但是PATHER支持的ID为
所以我们需要将MSU ID转换为 Uniprot ID,这里介绍一个在线网站PlantGSEA
转换完成后,为以下这样的结果,在EXCEL中将Uniprot ID复制出来即可
-2 进入正片,将Uniprot ID粘贴到PANTHER中
-3 出图, 五个参数对应的功能如字面意思,包括GO分析,蛋白功能注释,Pathway分析
我特别喜欢的一个小功能,就是可以将你感兴趣的那个通路,“露出尖尖角”
-4 当然我们要选择显著性分析
显著性分析结果