PMID: 33281882
杂志：Frontiers in Genetics
核心图
知识点
*IMMPORT：由NIH资助完成的，主要针对免疫开发的网站。我们经常看到许多文章的免疫相关基因list，都是从IMMPORT中下载的。
- DEGs：differentially expressed genes，差异表达基因
- Clusterin：由
CLU基因编码，根据文献报道早期前列腺细胞转化需要通过染色质重塑使CLU基因沉默。 - TMPRSS2-ERG fusion gene：与前列癌相关的生物学指标，由Tumor Fusion Gene Data Portal下载获得。
- AR scores：雄激素受体评分，由Cancer Genome Atlas Research Network下载得到。
| Dataset | Patient Size | Transcriptome Platform | Tissue |
|---|---|---|---|
| GSE1166918 | 248 | ADXPCv1a520642 Affymetrix Human | Formalin-Fixed Paraffin-Embedded |
| DKFZ2018 | 82 | Illumina HiSeq 2000 (RNAseq) | Fresh frozen |
| MSKCC2010 | 140 | Affymetrix Human Exon 1.0 ST Array | Fresh frozen |
| ICGC-PRAD-FR | 25 | Illumina HiSeq 2000 (RNAseq) | Fresh frozen |
摘要
1.作者从IMMPORT下载了包含1811个免疫基因的list，差异分析后得到263个immune DEGs，根据这263个DEGs进行无监督一致性聚类，共得到4个subtypes。2.作者根据RFS情况，将C1,C2,C4进行合并，命名为low-risk组，C3为高风险组。3.对高低亚型组周边进行分析，a.体细胞突变情况; b.CLU表达;c.TMPRSS2-ERG融合频率; d.AR评分；e.免疫细胞浸润；f.基因富集分析。
4.NT-DEGs基因和cluster-DEGs取交集→LASSO构建模型，并在GSE116918、DKFZ2018、MSKCC2010和ICGC-PRAD-FR中进行验证。
整体思路
结果
1.差异分析+无监督聚类
Fig.1
2.根据DFS进行亚型合并
Fig.2
3.免疫亚型周边
3.1 突变瀑布图+SPOP表达情况
Fig.3
3.2 CNA+融合基因+AR评分
Fig.4
3.3 免疫细胞浸润
用CIBERSORTx计算22种免疫细胞浸润情况
Fig.5
3.4 GSEA富集分析
GSEA结果阈值设置P < 0.05
Fig.6
4. 模型构建基因验证
基于NT-DEGs和cluster-DEGs基因，通过LASSO方法构建预后模型，并在外部数据集进行验证。
Fig.8
Fig.9
参考文献：
Immune-Related Gene-Based Novel Subtypes to Establish a Model Predicting the Risk of Prostate Cancer
