1. metabolic data --- bet
1) 首先为 img_NAA 去除背景,得到 NAA 和 NAA_mask;
2) 将 img_Lac 等代谢数据与 NAA_mask 相乘,为其余代谢数据去除背景;
2. T2_follow --- bet
将 T2_follow 剥离脑壳得到 T2_follow_brain
3. perfusion --- bet
1) 将 DWI_corr0000_brain 配准到 asl_raw_brain 上,求得变换矩阵为 DWI_to_asl_raw.mat
2) 借助 DWI_to_asl_raw.mat 将 DWI_corr0000_brain_mask 配准到 asl_raw_brain 上,得到 asl_raw_mask
3) 将 perfusion 与 asl_raw_mask 相乘,得到 perfusion_brain
4. T2_follow, perfusion --> epsi
1) 将 DWI_corr0000_brain、T2_follow_brain、asl_raw_brain 分别配准到 epsi_brain 上面,得到变换矩阵 DWI_to_epsi.mat、T2_follow_to_epsi.mat、asl_to_epsi.mat
2) 利用变换矩阵 DWI_to_epsi.mat 将adc 和 core_mask 分别配准到 NAA 上,得到 adc_NAA 和 core_mask_NAA; 其中 core_mask 配准过程中需要经过插值。
3) 利用变换矩阵 T2_follow_to_epsi.mat 将 T2_follow_brain 和 flair_mask 分别配准到 NAA 上,得到 T2_follow_NAA 和 flair_mask_NAA;其中 flair_mask 配准过程中需要经过插值。
4) 利用变换矩阵 asl_to_epsi.mat 将 perfusion_brain 和 oligemia_mask30 分别配准到 NAA 上,得到 perfusion_NAA 和 oligemia_mask30_NAA;其中, perfusion_NAA 需要和 NAA_mask相乘得到新的 perfusion_NAA,oligemia_mask30 配准过程中需要经过插值。
5. core_mask --> struct
1) 将 DWI_corr0000_brain 配准到 struct_brain 上面,得到配准后数据 DWI_struct 和变换矩阵 dwi_to_struct.mat;利用变换矩阵 dwi_to_struct.mat 将 core_mask 配准到 struct_brain 上,得到 core_mask_struct,注意此步骤需要经过插值。
2) 将 struct_brain 配准到 MNI152_T1_2mm_brain 上,得到变换矩阵 my_affine_transf.mat。