斑马鱼基因敲除常规流程及关键步骤质控标准及注释

一、设计方案

1.1 基因的基本信息

确认基因的基本信息,包括名称ID号等,一般会在NCBI等查询。


1.2 分析基因结构、氨基酸序列等做生物学信息的分析


1.3分析蛋白质的保守结构功能域

通过综合考虑,设计最佳的KO靶点。


1.4分析并设计CRISPR,分析其效率及脱靶的情况

一般使用CCTOP,少数物种如没有可找其它专业网站。


二、CRISPR活性验证

2.1分析并确认基因组序列

设计Genotyping引物,确认实际基因组序列与理论匹配情况,如CRISPR靶点验证与理论序列存在出入,需回到1.4重做。

该步骤还需要确认引物扩增条件,以备后用,如不能正常扩增需要重新设计,并且不能进行下一步操作。


2.2合成sgRNA

使用Thermo转录试剂盒转录,完成后需测定浓度(不得低于400 ng/μl)和OD值(260/280需在1.8~2.2)。


2.3显微注射

将上述合成好的sgRNA按照一定的比例与Cas9蛋白预混,使用显微注射技术将其注入斑马鱼早起胚胎中。


2.4活性验证

随机选取8~24 hpf的8枚注射后的胚胎通过PCR后将其产物送商业公司sanger测序,需要看到至少有一组在靶向位置存在Indel突变。

[if !supportLists]1) [endif]如有,挑取存在Indel突变的亚克隆确认;

[if !supportLists]2) [endif]如没有,回到2.3或2.2或1.4(具体回到哪一步需要根据实际情况决定)


三、突变体制备及确认

3.1 F0饲养

如2.4验证有活性,一般需要显微注射400~500枚胚胎作为F0(一般由胚胎发育至成体有10~20%),至少需要40尾以上的F0。


3.2 F0可遗传突变的确认

将上述F0亲本与野生型杂交(或者自交),将所产胚胎随机选取8枚经测序确认,如存在Indel突变,则该F0亲本即为可遗传突变体。以此方法至少鉴定出3尾可遗传的F0。


3.3 F1饲养

将3.2至少3尾亲本经交配,每组一般15~25尾,一般总量需到达40~50尾。


3.4 F1确认

将3.3的F1饲养至2~2.5月龄,获得其尾鳍基因组,通过PCR后测序确认其具体基因型(要求必须是移码突变或出现提前终止密码子的突变)。


四、最终交付产品

至少获得3尾以上移码突变F1代斑马鱼(不限雌雄、不限具体突变类型),以及上述结项报告一份。


后续服务

一般客户拿到3尾移码突变斑马鱼并不能直接做实验,还需要继续扩繁、建系或做后研究等,因此我们也有后续服务。


五、突变体传代

释义:根据客户具体要求,通过自交(或者杂交),将某一种(或者多种)突变型扩大种群(或保持种群。

根据客户常规要求,我们一般提供30~40尾(雌雄各不少于8尾)经尧顺禹鉴定后的确认为突变体的Fn+1代斑马鱼。


六、表型观察及基因功能研究

定制化服务,依据客户实际要求实现。


 一、设计方案

1.1 基因的基本信息

确认基因的基本信息,包括名称ID号等,一般会在NCBI等查询。


1.2 分析基因结构、氨基酸序列等做生物学信息的分析


1.3分析蛋白质的保守结构功能域

通过综合考虑,设计最佳的KO靶点。


1.4分析并设计CRISPR,分析其效率及脱靶的情况

一般使用CCTOP,少数物种如没有可找其它专业网站。


二、CRISPR活性验证

2.1分析并确认基因组序列

设计Genotyping引物,确认实际基因组序列与理论匹配情况,如CRISPR靶点验证与理论序列存在出入,需回到1.4重做。

该步骤还需要确认引物扩增条件,以备后用,如不能正常扩增需要重新设计,并且不能进行下一步操作。


2.2合成sgRNA

使用Thermo转录试剂盒转录,完成后需测定浓度(不得低于400 ng/μl)和OD值(260/280需在1.8~2.2)。


2.3显微注射

将上述合成好的sgRNA按照一定的比例与Cas9蛋白预混,使用显微注射技术将其注入斑马鱼早起胚胎中。


2.4活性验证

随机选取8~24 hpf的8枚注射后的胚胎通过PCR后将其产物送商业公司sanger测序,需要看到至少有一组在靶向位置存在Indel突变。

[if !supportLists]1) [endif]如有,挑取存在Indel突变的亚克隆确认;

[if !supportLists]2) [endif]如没有,回到2.3或2.2或1.4(具体回到哪一步需要根据实际情况决定)


三、突变体制备及确认

3.1 F0饲养

如2.4验证有活性,一般需要显微注射400~500枚胚胎作为F0(一般由胚胎发育至成体有10~20%),至少需要40尾以上的F0。


3.2 F0可遗传突变的确认

将上述F0亲本与野生型杂交(或者自交),将所产胚胎随机选取8枚经测序确认,如存在Indel突变,则该F0亲本即为可遗传突变体。以此方法至少鉴定出3尾可遗传的F0。


3.3 F1饲养

将3.2至少3尾亲本经交配,每组一般15~25尾,一般总量需到达40~50尾。


3.4 F1确认

将3.3的F1饲养至2~2.5月龄,获得其尾鳍基因组,通过PCR后测序确认其具体基因型(要求必须是移码突变或出现提前终止密码子的突变)。


四、最终交付产品

至少获得3尾以上移码突变F1代斑马鱼(不限雌雄、不限具体突变类型),以及上述结项报告一份。


后续服务

一般客户拿到3尾移码突变斑马鱼并不能直接做实验,还需要继续扩繁、建系或做后研究等,因此我们也有后续服务。


五、突变体传代

释义:根据客户具体要求,通过自交(或者杂交),将某一种(或者多种)突变型扩大种群(或保持种群。

根据客户常规要求,我们一般提供30~40尾(雌雄各不少于8尾)经尧顺禹鉴定后的确认为突变体的Fn+1代斑马鱼。


六、表型观察及基因功能研究

定制化服务,依据客户实际要求实现。

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