我用ropls包画PCA, PLS DA, OPLS DA图,但是数据导入出了些问题。
> data
sample calss X.2.methoxyethoxy.propanoic.acid X.gamma.Glu.Leu.Ile
1 asss1 1 6.8 5.9
2 asss2 1 3.5 3.6
3 assss3 1 3.6 3.8
4 asss4 1 2.8 3.9
5 assdd4 2 4.7 4.1
6 sdv6 2 4.6 4.2
7 ghj7 2 4.5 4.3
8 fdg9 2 4.4 5.1
我的数据导入后是这样的,但是运行画图命令后出来了个error:
> pca <- opls(data)
Error: 'x' data frame must contain columns of 'numeric' vectors only
然后我就把first and second column删掉(因为第二列数据没用),没想到出现一个
warning:
> data.exp <- data[,c(-1, -2)]
> pca <- opls(data.exp)
Warning message:
Single component model: only 'overview' and 'permutation' (in case of
single response (O)PLS(-DA)) plots available
也顺带出来了一些数据和一个图,结果这个图是空白,只有横纵坐标
> pca
PCA
8 samples x 3 variables
standard scaling of predictors
R2X(cum) pre ort
Total 0.704 1 0
我问作者是不是数据有什么格式要求,就按照上面的格式给作者邮件,作者回复:
The model tells you that one component is sufficient (ie the second one is
not bringing useful information).
If, however, you want to compute additional components (ie 2 components to
display the score plot), you can set the predI argument (eg to 2 or more
instead of the NA default value).
他说一个成分足够了,但是我没有得到图怎么办呢?加主成分这个建议在SIMCA软件里面也
有,不过我用别的包(muma包)不需要加主成分做出的PCA图有3个主成分,只是只能出图,
没有上面那些R2X数据。
我该怎么修改我的数据格式好呢?如有描述不足或者不当请多多指教