整本书以豆豆的成长过程为线索，讲述了被看作“问题”小孩的豆豆在去了小林校长创建的巴学园上学后的一系列改变以及趣事，而每一个细小琐碎的故事都贯彻着小林校长爱的教育。
在传统校园课堂上小豆豆总是做出一些不合学生守则的事情，比如在上课时来回拉自己桌子的抽屉，或是走到窗边大喊“广告宣传员叔叔”，却意识不到自己已经影响了其他同学学习，尽管老师多次纠正小豆豆，但是小豆豆却无法改正。豆豆并非故意与老师作对，只是她还太小，还不能真正理解老师的意思，而老师的教育方式也只是站在了成年人的角度上去理解豆豆的行为。
直到豆豆被送去巴学园，豆豆的生活开始有了许多新的变化。这里的一切都显得那么与众不同，全校只有50名左右的学生，教室都是一些废弃的电车，上课时每个同学可以选择从自己最感兴趣的科目开始学习。在巴学园里小林校长总是夸赞豆豆“真是一个好孩子”，并且从来不把豆豆看似奇怪的行为当作是一个大问题，当豆豆为了买一个路边商贩鼓吹的咬一口能看出是否健康的树皮向小林校长借钱时，小林校长在弄清情况后明知这是一个骗子却还是借给了豆豆钱，而且一直没有戳破那个商贩的谎言，我想之所以没有戳破谎言是因为小林校长对孩子的纯真和善良的一种呵护吧。
小林校长创建的巴学园，让我们换一种更加温和的态度去看待和理解那些也许不太“听话”的孩子，从孩子的角度去思考孩子真正需要的是什么，也许更多的时候孩子需要的不是你去教他们怎么做，而是去理解他们，然而大人们却往往连认真听孩子说话都做不到。
小林校长总是尽量倾听并且顺其自然，正是因为他站在了孩子角度关心孩子，我们才渐渐明白豆豆看似奇怪的想法和行为只不过是一个小孩子该有的天真与可爱，从一开始豆豆就不是一个有问题的孩子，只是传统的缺乏爱与理解的教育将豆豆与社会秩序对立起来了，这是社会与教育的问题，却并不是孩子的问题。
在巴学园没有许多的说教，小林校长几乎不会告诉孩子们这样做是奇怪的或者这样想是不对的，而是充分尊重孩子的行为，当看见为了找掉在厕所的钱包的豆豆在奋力掏粪时，只是以朋友般的语气说：“干完了要把它们都送回原处去呦！”如果在我的童年里也有一个能够在我做用沙子做各种食物时，走过来跟我说“你做得看起来很好吃呢”的大人，我想那时在我眼中他不是被贴上标签的大人，而是朋友。
书中似乎一直在叙述着一些有趣的温暖的小故事，然而实际上在温馨与平静之外的巴学园却发生着残酷的第二次世界大战，然而作者却很少描写战争以及战争中人们恐慌的心情，我想一方面是因为当时的作者还太小，另一方面也是更重要的原因，大概是因为作者即使在那个战争爆发的年代，小林校长却还是坚持将爱传输给孩子们，而不是仇恨或是恐惧。由于美日当时是敌对国，大多数学校甚至都停止了英语的教学，然而小林校长却依旧接收了一名美国孩子当学生。战争是可怕的，然而孩子是无辜的，教育也不应该掺进过多的政治，毕竟褪去一切外包装，我们一样都是人类。
虽然巴学园最终在战火中被烧毁，然而正如小说最后作者写到的：小林老师对于孩子的爱，对教育事业倾注的热情，比此刻吞没着学校的烈火更为炽热。
