在安装RepeatModeler-2.0.1时，第一步配置configure文件，perl configure时提醒没有安装Perl的File::Which模块。

The following perl modules required by RepeatModeler are missing fromyour system.  Please install these first:    File::Which

因为我没有root权限，那么学一下非root用户怎么安装perl模块。

但是如果是非root用户，那么就麻烦了，很难用自动的cpan下载器，总有一些模块用cpan下载失败。

这样只能下载模块源码，然后编译，但是编译有个问题，很多模块居然是依赖于其它模块的，你的不停地下载其它依赖模块，最后才能解决，特别麻烦！我曾遇到这种情况，最后因为依赖太多了就放弃了。这种手工下载的方式安装perl模块的方式几乎就是不可行。

查到了非root用户运行下面的代码获取自己的私人cpan下载器的方法，在自己的目录下试一试。

wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5App::cpanminus local::lib

eval ‘perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib’

echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5-Mlocal::lib`' >> ~/.bashrc

echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH'>> ~/.bashrc

wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::libeval ‘perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib’echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.bashrcecho 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.bashrc

就能拥有一个私人的cpan下载器，~/.bashrc可能需要更改为.bash_profile, . profile, etc等等，取决于你的linux系统！

然后直接运行cpanm File::Which，就跟root用户一样的可以下载模块啦！

cpanm File::Which运行后，

然后回到RepeatModeler-2.0.1目录，再配置configure文件，perl configure，之前的安装Perl模块的报错提醒就没有了。

成功安装了File:Which模块。

报错提醒：

一、yum安装报错

因为perl模块是Linux世界中非常重要的组成部分，因此centos或者ubuntu默认的软件源中都会内置大量perl的模块，采用这种方式安装是最好的方式，因为来自软件源里的内容都会安装成功，并且自动解决好依赖。首推这种方式。

1、首先，利用yum search进行搜索，

yum search File::Which

2、找到对应的模块，使用安装。

yum install -y rh-perl524-perl-File-Which.noarch

报错提醒：

Loaded plugins: fastestmirror, langpacks

Repodata is over 2 weeks old. Install yum-cron? Or run: yum makecache fast

You need to be root to perform this command.

二、cpan>install File::Which安装这个perl模块

许久没有反应，放弃。

如果是root用户，直接用cpan下载器，几乎能解决所有的模块下载安装问题！

但是如果是非root用户，很难用自动的cpan下载器，总有一些模块用cpan下载失败。

参考：

http://www.bio-info-trainee.com/2451.html

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