首先思维导图第三天，学习Linux环境下的软件安装
思维导图
今天的学习内容
主要几个方面
- 压缩软件安装：bzip2
- 管理软件安装：miniconda
- 安装miniconda后基础操作
最主要的几个代码
今天的代码比较简单，就是列表list，搜索search，卸载remove，安装install
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conda list：查看conda列表conda list
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conda search fastqc：搜索软件fastqc
下面的就是各种相关版本
search -
conda install fastqc -y：安装软件，默认最新版
如果需要其他版本conda install fastqc=0.11.7 -y
ps：-y 默认后续每个选项确认是都是yes，如果没有。。就当锻炼了。。
isntall -
conda remove fastqc -y 卸载软件
image.png
选修
- conda data ：由于生信分析中，分析不同的任务时，可能会用到同一个软件的不同版本，因此需要不同的conda环境
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conda info --envs：查看目前的环境（前面加*的为当前环境）
conda environment - conda create -n rna-seq fastqc trimmomatic -y：创建新环境
- -n：name
- rna-seq 新建的环境
- fastqc trimmomatic：顺便安装俩软件
- -y：不要问我，直接安装
new environment
-
source activate dna-seq：激活新环境
由于之前做的时候没写记录，已经安装了新环境rna-seq，这次安装一个dna-seq
activate - conda remove -n rna-seq --all ：全部卸载
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conda remove -n rna-seq fastqc -y ：卸载某个软件
ps：注意要卸载时，不能停留在要卸载的文件夹，比如windows你想删除整个D盘，那么你在D盘里面就没有办法操作，要返回“我的电脑”才可以
image.png
卸载环境后，再次查看环境，发现rna-seq环境已经没有了
再次查看
clear
after clear
