现代史一般都被描述为一场科学真理驱除宗教愚昧的历史。现代史其实是科学与特定的宗教（人本主义）达成协议的过程。科学家信奉人本主义的教条，科学的用途不是为了挑战这些教条，而是为了实现这些教条。
理论上，科学和宗教都是为了追求真理，而因为各自推崇不同的真理，这也就注定了有所冲突。但是事实上，科学和宗教都不那么在乎真理。因此，两者十分容易妥协共存，甚至合作。宗教最在乎的其实是秩序，宗教的目的就是创造和维持社会结构。而科学最在乎的则是力量，科学的目的是通过研究得到力量，以治疗疾病、征伐作战、生产食物。
就整体而言，科学和宗教对真理的喜好远不及秩序和力量，因此两者一拍即合。 就个别科学家和神职人员，可能很在意真理，对于真理的追求毫不妥协，这其实是一次灵性之旅。
这里指的宗教的定义强调其社会功能，而不在于神是否存在。只要能够为人类的法律规范和价值观赋予高于人类的合法性，就应该算是宗教。宗教是一份契约，而灵性是一个旅程。宗教总是要巩固世俗秩序，而灵性则要逃离世俗秩序。
从历史上看，个人致力于灵性的追求总是以悲剧收场，因为这是一条孤独的道路，只是适合个人，而不是整个社会。即使偶尔获得了成功，往往又会促成了新的宗教制度的发生。马丁路德的挑战了天主教会的法则、制度和仪式后，却发现自己正在写下新的法则，建立新的制度，发明新的仪式。
虽然科学家能够研究世界如何运转，却没有科学方法告诉我们人类该做些什么。虽然科学确实是管事实，但宗教并非只管伦理，宗教要发挥任何实际的引导作用就要提出一些事实上的要求，这样就可能和科学产生冲突。宗教的自我宣传，往往只强调其美好的价值观，只不过上帝却往往藏在那些用小字印刷的事实声明之中。对于宗教的伦理判断，科学无法驾驭反驳或证实，但对于宗教的事实声明，科学家就大有意见了。
