本人因学习生信入门R语言,按照生信技能树JIMMY给的R包安装代码运行,有4个包未能顺利安装:GSEABase,GSVA,clusterProfiler和hgu133plus2.db。期间尝试过多种方法,最终顺利安装,下面介绍我最终顺利安装上包方法过程。
以下为顺利安装的过程:
1、关闭Rstudio,重新打开
此为关键步骤
2、运行以下命令行:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GSEABase")
BiocManager::install("GSVA")
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("hgu133plus2.db")
参考:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GSEABase.html
3、检查是否真的装上了
library(GSEABase)
library(GSVA)
library(clusterProfiler)
library(hgu133plus2.db)
注意事项
bioconductor上给出的安装方法其实是我在安装失败后第一个尝试的方法,所运行的代码也是一模一样的,但是并没有成功。期间我也重启过Rstudio,尝试其他方法。最后一次尝试,我关闭重启后再运行bioconductor上的这几行命令,就奇迹般地成功了,所以我认为第一步重启是关键。
顺便了解到的其他装包方法
1、手动安装法
参考:https://blog.csdn.net/zdx1996/article/details/86629965
不知道为什么我想要安装的GSEABase,GSVA,clusterProfiler和hgu133plus2.db没有在官网上找到,因此没有用到这一方法安装成功。
2、RForge安装法
参考:https://blog.csdn.net/Un_Freaking_MAN/article/details/51538409
有的包不在CRAN里面,但是在RForge里有。这也是一个安装失败时可以使用的方法。
3、常规装包法
参考:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=3419243&do=blog&id=1202040
使用命令:install.packages("name")
或是在Rstudio中手动搜索安装,点击Install,再输入包名。
4、我在本次装包时尝试过的其他方法
其他方法虽然并没有成功,但是我修改过一些设置,不知道对最后的成功是否有影响,所以在此我也列出我本次装包时尝试过的其他方法。
参考:https://www.cnblogs.com/lph970417/p/11655371.html
https://blog.csdn.net/forevernull/article/details/48707703
运行以下代码:
setRepositories(addURLs = c(CRANxtras = "http://cran.at.r-project.org/")) #选了12345
install.packages("BiocInstaller", repos = "http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc")
5、最后一个参考链接
https://community.rstudio.com/t/package-s-not-available-for-r-3-6-0/30814/2
这个上面解释了为什么会有“package is not avaliable”的现象。原因1是该包还没有为你的R版本和操作系统在CRAN上构建,原因2是该包来自non-CRAN库,可能来自于如GitHub或RForge。