一、新流程的执行问题
在实施阶段设计得很好的流程在实际使用过程中是否能够得到很好的执行，事关 MES软件 的应用能否达到实施之前的预期目标。因此，新流程能否得到很好的执行是上线后面临的一个关键问题。
首先，业务部门是否充分理解新的业务流程是流程能否得到执行的首要因素。在职能制的管理模式下，职能部门关注的是部门的产出和部门的最优化;而在面向流程的管理模式下，业务部门需要关注整体流程的产出。这个观念的转变难度是比较大的。
其次，业务部门对新流程的抵触会在上线后暴露出来。在实施阶段，由于决策层的重视和介入，业务部门一般不会对新的业务流程设计提出太多的质疑和明显的抵触。但是，上线之后，随着顾问团队的撤出以及决策层关注点的转移，业务部门会用“事实”告诉高层，新的流程有问题。
再次，在实施阶段，设计新的业务流程时，有些不常见的业务场景可能没有考虑到，或者某些流程在设计的时候过于理想化。上线之后，这些新增加的业务流程的设计和调整如何进行，也是一个需要重视的问题。
二、系统调整的问题
实施南京MES管理软件后，计划模式及业务流程进行了调整，这个时候系统中设定的某些参数和基础数据不一定很准确(比如说，计划期间、安全库存量、批量等)，上线之后，随着系统的使用，这些参数的问题会暴露出来，实施阶段，这些参数和基础数据的设定是顾问协助完成的。系统运维阶段，如何对这些参数进行调整使其符合企业的实际是一个非常重要的问题。
还有，如果涉及到一些比较大的调整，比如说，某些业务流程的调整时，如何进行调整是一个难度很大的问题。夸张点说，系统实施阶段是一张白纸，你可以按自己的思路画图。但是系统上线后，就只能在规定的范围内，在不影响原有整体思路的基础上进行补充。
三、数据的准确性问题
我们经常听到很多企业抱怨MES管理软件里面的数据不准。一旦发生这种情况，MES管理软件也就失去其价值了。上线之后，如何保证数据的准确性是一个长期而又艰巨的任务。
我们知道，在手工阶段，LED电子看板同一个数据可以通过对不同业务部门提交的报表中进行分析比较。实施MES管理软件后，数据的来源基本上就唯一了，数据源头的错误会导致后续一连串的数据错误。因此，控制数据源头的准确性非常关键。
要保证MES管理软件数据的准确性，不光要求录入人员有高度的责任心，同时要求录入人员对其所录入数据的意义有充分正确的理解。很多企业认为数据录入是一个简单的重复性劳动，对此不够重视，结果导致下游业务部门发现问题的时候才进行处理，结果是费力费时。
