1 ChIP-seq
染色质免疫共沉淀 （Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)
研究体内蛋白质与DNA结合的技术。简单原理：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。
研究的转录因子为已知的转录因子，且需要抗体拽。
2、ATAC-seq
ATAC-seq:（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是用于研究染色质可及性（通常也理解为染色质的开放性）的方法， 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
染色体由核小体为单元组成，而蛋白质缠绕（我记得是1.75圈）在组蛋白上（8聚体）形成核小体，很多核小体，进一步折叠、浓聚，并在其他架构蛋白的辅助下，形成染色体。
反式作用因子和顺式作用元件进行结合时，染色体是需要打开的，即将紧密的结构变的松散，叫开放染色质（open chromatin），欢迎你来结合,而染色质的这种特性，就叫做染色质的可进入性（chromatin accessibility）。
根据这样的思路，利用Tn5转座酶容易结合到open chromatin上特性，对其进行加标签，而后对结合的DNA进行测序即可，这样就可以在全基因组上进行检测open chromatin，这些地方容易被转录因子结合。
3、DAP-seq
DAP-seq:(DNA affinity purification sequencing) 是一种高通量TF结合位点发现方法，用体外表达的TFS来询问基因组DNA
在全基因组水平，检测某个DNA结合蛋白的分布。是ChIP-seq的一种替代方案，在体外重组表达转录因子蛋白，与基因组DNA相互作用，对与重组蛋白结合的DNA测序，分析获得蛋白结合的基因位置，以及特异的DNA基序（motif）。
由于不需要特异抗体、以DNA与蛋白质的固定，比起ChIP-seq降低了实验的技术要求。由于是体外互作实验，在分析时需要引入对照，并且与其他方法联合分析。
重点是不需要抗体，在体外表达转录因子。（这与chip-seq有很大区别）
将一个标记的转录因子添加到DNA文库中，让它随机结合DNA，随后再分离出所有配对DNA-蛋白，这种方法叫做DNA亲和纯化测序(DAP-seq)。DAP-seq作为Chip同样功能的体外实验技术，是研究非模式植物的顺反组的一把利刃
