library(devtools)
install_github("mingjingsi/FIRM")
单细胞rna测序(scRNA-seq)已被广泛应用于通过测量单个细胞的mRNA表达模式来发现新的细胞类型和重建发育轨迹。然而，使用不同的scRNA-seq技术平台(包括流行的SMART-Seq2 (SS2)和10X平台)收集的数据集很难进行比较，因为它们是异构的。每个平台都有独特的优势，这些数据集的整合将为细胞生物学和基因调控提供更深入的见解。通过全面的数据挖掘，我们发现细胞类型组成的差异往往阻碍了精确的整合。在此，我们描述公司，一个算法，解决这个问题，并实现高效和准确集成异构scRNA-seq数据集跨多个平台。我们将FIRM应用于使用SS2和10X从小鼠、鼠狐猴和人类生成的大量scRNA-seq数据集，比较它在数据集集成方面的性能与其他最先进的方法。使用FIRM生成的集成数据集显示了共享细胞类型身份的精确混合和对每个数据集的原始结构的优越保存。FIRM不仅为下游分析生成健壮的集成数据集，而且还是将单元格类型标签和注释从一个数据集转移到另一个数据集的简便方法，使其成为一个通用的和不可缺少的scRNA-seq分析工具。
多种整合方法比较
