1.《营业税改征增值税试点有关事项的规定》（财税[2016]36号附件2）规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），以取得的全部价款和价外费用，扣除受让土地时向政府部门支付的土地价款后的余额为销售额。
2.2016年底，财政部又通过《财政部 国家税务总局关于明确金融 房地产开发 教育辅助服务等增值税政策的通知》（财税〔2016〕140号）对上述优惠政策做了补充规定：
第一，“向政府部门支付的土地价款”，包括土地受让人向政府部门支付的征地和拆迁补偿费用、土地前期开发费用和土地出让收益等。房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），在取得土地时向其他单位或个人支付的拆迁补偿费用也允许在计算销售额时扣除。需要注意的是，纳税人按上述规定扣除拆迁补偿费用时，应提供拆迁协议、拆迁双方支付和取得拆迁补偿费用凭证等能够证明拆迁补偿费用真实性的材料。
第二，房地产开发企业受让土地向政府部门支付土地价款后，设立项目公司对该受让土地进行开发，同时符合下列条件的，可由项目公司按规定扣除房地产开发企业向政府部门支付的土地价款。（一）房地产开发企业、项目公司、政府部门三方签订变更协议或补充合同，将土地受让人变更为项目公司;（二）政府部门出让土地的用途、规划等条件不变的情况下，签署变更协议或补充合同时，土地价款总额不变；（三）项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有。
3. 根据上述规定，项目公司支付的拆迁补偿款，和土地前期开发费用，都是可以在销售额中扣除的。总公司受让的土地，设立项目公司实际开发，只要符合相关条件，也可以由项目公司在其销售额中扣除总公司支付的土地价款。
4..至此，困扰我们的土地价款扣除问题，似乎得到了圆满的解决。但是，补充规定中的“项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有”，那么合作开发房地产项目的，土地价款如何扣除？
